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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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kikumaru818

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 如何用gromacs模拟 pbc=xy? 已有2人参与

我不想用 pbc=xyz
不想应用到z direction上面。
不知道有没有达人知道该如何设置????


我在网上找到一个方法说可以加一个真空层,把z 方向 增长三倍以上。然后调成不可压缩
可是我模拟出来有问题。。。。
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japmail

超级版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
4楼: Originally posted by kikumaru818 at 2014-04-08 02:04:45
这样改会有错误的哦。
如果写成pbc=xy
需要设置wall,设置wall就更加复杂了

请问您最后是如何解决的呢?我也想在Z方向不用周期性边界,将其设置为无限长,在xy方向上设置周期性边界条件
一个高尚而又纯粹的爷
5楼2015-10-17 10:52:03
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jiaoyixiong

无虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-03-28 20:44:48
直接设置
pbc                = xy                 ; Periodic Boundary Conditions (lateral)

把z 方向调成不可压缩,只需要把z方向的压缩率设置成 0 即可

compressibility          = 5e-5     0
2楼2014-03-28 11:43:02
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fangsteel

超级版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-28 20:44:54
把mdp文件里的pbc改成xy不可以么?
gromacs
3楼2014-03-28 12:23:27
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kikumaru818

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

这样改会有错误的哦。
如果写成pbc=xy
需要设置wall,设置wall就更加复杂了
4楼2014-04-08 02:04:45
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