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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何用gromacs模拟 pbc=xy?
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kikumaru818

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何用gromacs模拟 pbc=xy? 已有2人参与

我不想用 pbc=xyz
不想应用到z direction上面。
不知道有没有达人知道该如何设置？？？？


我在网上找到一个方法说可以加一个真空层，把z 方向 增长三倍以上。然后调成不可压缩
可是我模拟出来有问题。。。。
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1楼 2014-03-28 11:10:32
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-28 20:44:48
直接设置
pbc                = xy                 ; Periodic Boundary Conditions (lateral)

把z 方向调成不可压缩，只需要把z方向的压缩率设置成 0 即可

compressibility          = 5e-5     0
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2楼2014-03-28 11:43:02
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:44:54
把mdp文件里的pbc改成xy不可以么？
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gromacs
3楼2014-03-28 12:23:27
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kikumaru818

新虫 (初入文坛)
这样改会有错误的哦。
如果写成pbc=xy
需要设置wall，设置wall就更加复杂了
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4楼2014-04-08 02:04:45
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japmail

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by kikumaru818 at 2014-04-08 02:04:45
这样改会有错误的哦。
如果写成pbc=xy
需要设置wall，设置wall就更加复杂了

请问您最后是如何解决的呢？我也想在Z方向不用周期性边界，将其设置为无限长，在xy方向上设置周期性边界条件
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一个高尚而又纯粹的爷
5楼2015-10-17 10:52:03
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