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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 电荷问题
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wjf12

银虫 (小有名气)

[求助] 电荷问题 已有1人参与

用Gromacs模拟离子晶体CaO，由于是用UFF网站生成的top文件，里面的电荷为0。
所以我进行了手动修改，把Ca设为+2，O设为-2。请问，这么改对么？求高手解惑！
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1楼 2014-03-26 16:33:04
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wjf12: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-27 11:38:25
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:22:12
引用回帖:
3楼: Originally posted by wjf12 at 2014-03-27 10:37:59
谢谢回答。首先，由于我是在网站上生成的top文件，UUF的itp文件要怎么获得呢？另外，各个力场的设置有所不同，在有机分子中同一种原子所处的结构不同电荷也不一样，还是说离子晶体跟有机分子的情况不一样呢？...

是，一般而言，如果力场里面能够找到相应的参数，最好自己写itp文件，用网站生成的不是非常合适。。。。第二就是你说的原子位置环境不同可能会有不同的带点性质，这个我还是觉得得看力场里的。比方说在opls力场里，对于不同位置的C都用不同的原子类型来表示，它电荷也不一定相同
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gromacs
4楼2014-03-27 10:48:47
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-26 20:32:41
wjf12: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-27 10:38:19
一般离子带电电荷数目在力场的itp文件里能找找看的吧，我记得gm.ff里面CA就是带两个单位正电荷
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gromacs
2楼2014-03-26 16:45:46
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wjf12

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-03-26 16:45:46
一般离子带电电荷数目在力场的itp文件里能找找看的吧，我记得gm.ff里面CA就是带两个单位正电荷

谢谢回答。首先，由于我是在网站上生成的top文件，UUF的itp文件要怎么获得呢？另外，各个力场的设置有所不同，在有机分子中同一种原子所处的结构不同电荷也不一样，还是说离子晶体跟有机分子的情况不一样呢？
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3楼2014-03-27 10:37:59
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