应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 电荷问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 772  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

wjf12

银虫 (小有名气)

[求助] 电荷问题 已有1人参与

用Gromacs模拟离子晶体CaO，由于是用UFF网站生成的top文件，里面的电荷为0。
所以我进行了手动修改，把Ca设为+2，O设为-2。请问，这么改对么？求高手解惑！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2014-03-26 16:33:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjf12

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-03-26 16:45:46
一般离子带电电荷数目在力场的itp文件里能找找看的吧，我记得gm.ff里面CA就是带两个单位正电荷

谢谢回答。首先，由于我是在网站上生成的top文件，UUF的itp文件要怎么获得呢？另外，各个力场的设置有所不同，在有机分子中同一种原子所处的结构不同电荷也不一样，还是说离子晶体跟有机分子的情况不一样呢？
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-27 10:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-26 20:32:41
wjf12: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-27 10:38:19
一般离子带电电荷数目在力场的itp文件里能找找看的吧，我记得gm.ff里面CA就是带两个单位正电荷
赞一下 回复此楼
gromacs
2楼2014-03-26 16:45:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wjf12: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-27 11:38:25
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:22:12
引用回帖:
3楼: Originally posted by wjf12 at 2014-03-27 10:37:59
谢谢回答。首先，由于我是在网站上生成的top文件，UUF的itp文件要怎么获得呢？另外，各个力场的设置有所不同，在有机分子中同一种原子所处的结构不同电荷也不一样，还是说离子晶体跟有机分子的情况不一样呢？...

是，一般而言，如果力场里面能够找到相应的参数，最好自己写itp文件，用网站生成的不是非常合适。。。。第二就是你说的原子位置环境不同可能会有不同的带点性质，这个我还是觉得得看力场里的。比方说在opls力场里，对于不同位置的C都用不同的原子类型来表示，它电荷也不一定相同
赞一下(1人) 回复此楼
gromacs
4楼2014-03-27 10:48:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 268求调剂 +6 你好tg 2026-04-03 7/350 2026-04-03 23:09 by qzxyhcsy
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学085600英一数二337分求调剂 +3 lyz0427 2026-04-03 3/150 2026-04-03 22:37 by 啵啵啵0119
[考研] 329求调剂 +9 miaodesi 2026-04-02 11/550 2026-04-03 18:28 by ls刘帅
[考研] 一志愿华中农业071010，总分320求调剂 +7 困困困困坤坤 2026-04-02 7/350 2026-04-03 17:26 by Yuena_Wang
[考研] 考研调剂 +8 不爱喝饮料 2026-04-03 8/400 2026-04-03 16:40 by Mistake-J
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +9 yelck 2026-04-03 10/500 2026-04-03 13:20 by yelck
[考研] 生物学求调剂 +3 15064154688 2026-04-03 3/150 2026-04-03 10:28 by macy2011
[考研] 交通运输考试264分求工科调剂 +4 jike777 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:53 by zllcz
[考研] 277求调剂 +3 12A3 2026-04-02 3/150 2026-04-02 21:30 by swb0218
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-04-02 4/200 2026-04-02 13:03 by yulian1987
[考研] 272求调剂，接受跨专业调剂！ +4 闲鱼卢 2026-03-31 4/200 2026-04-02 11:18 by guyan1000
[考研] 一志愿9初试366 本双非求调剂 +4 运气来得若有似� 2026-04-02 4/200 2026-04-02 09:56 by guanxin1001
[考研] 一志愿346上海大学生物学 +3 上海大学346调剂 2026-04-01 3/150 2026-04-02 08:36 by w虫虫123
[考研] 349求调剂 +6 吃的不少 2026-04-01 6/300 2026-04-01 17:55 by JYD2011
[考研] 调剂 +5 好好读书。 2026-03-28 7/350 2026-04-01 15:32 by 王亮_大连医科大
[考研] 311求调剂 +10 李芷新1 2026-03-31 10/500 2026-04-01 14:38 by chenqifeng666
[考研] 环境工程调剂 +9 hyzzzzzzz. 2026-04-01 9/450 2026-04-01 14:20 by salamander`
[考研] 一志愿华南师范361分，化学求调剂 +4 Nicole88888 2026-04-01 4/200 2026-04-01 10:08 by 唐沐儿
[考研] 085600，专业课化工原理，320分求调剂 +6 大馋小子 2026-03-29 6/300 2026-03-31 10:03 by 氯化亚硝酰
[考研] 求调剂 +7 争取九点睡 2026-03-28 8/400 2026-03-28 21:07 by 争取九点睡
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭