应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 电荷问题
41/1返回列表
查看: 838  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wjf12

银虫 (小有名气)

[求助] 电荷问题 已有1人参与

用Gromacs模拟离子晶体CaO，由于是用UFF网站生成的top文件，里面的电荷为0。
所以我进行了手动修改，把Ca设为+2，O设为-2。请问，这么改对么？求高手解惑！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2014-03-26 16:33:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-26 20:32:41
wjf12: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-27 10:38:19
一般离子带电电荷数目在力场的itp文件里能找找看的吧，我记得gm.ff里面CA就是带两个单位正电荷
赞一下 回复此楼
gromacs
2楼2014-03-26 16:45:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjf12

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-03-26 16:45:46
一般离子带电电荷数目在力场的itp文件里能找找看的吧，我记得gm.ff里面CA就是带两个单位正电荷

谢谢回答。首先，由于我是在网站上生成的top文件，UUF的itp文件要怎么获得呢？另外，各个力场的设置有所不同，在有机分子中同一种原子所处的结构不同电荷也不一样，还是说离子晶体跟有机分子的情况不一样呢？
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-27 10:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wjf12: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-27 11:38:25
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:22:12
引用回帖:
3楼: Originally posted by wjf12 at 2014-03-27 10:37:59
谢谢回答。首先，由于我是在网站上生成的top文件，UUF的itp文件要怎么获得呢？另外，各个力场的设置有所不同，在有机分子中同一种原子所处的结构不同电荷也不一样，还是说离子晶体跟有机分子的情况不一样呢？...

是，一般而言，如果力场里面能够找到相应的参数，最好自己写itp文件，用网站生成的不是非常合适。。。。第二就是你说的原子位置环境不同可能会有不同的带点性质，这个我还是觉得得看力场里的。比方说在opls力场里，对于不同位置的C都用不同的原子类型来表示，它电荷也不一定相同
赞一下(1人) 回复此楼
gromacs
4楼2014-03-27 10:48:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wjf12 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +6 yuleib84 2026-08-19 7/350 2026-08-21 09:24 by zxg7980
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +9 大萍1987 2026-08-20 11/550 2026-08-21 08:19 by littlezl
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭