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Yocan2012

新虫 (小有名气)

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专业: 微生物遗传育种学

[求助] 植物基因组提取已有4人参与

最近在做植物基因组提取，用来测序建库使用的。使用的是植物（菊科）的种子作为材料，液氮研磨破碎，CTAB法提取，除了没有使用Tris饱和酚外，其他完全按照CTAB法进行操作。结果见图。此外，有时候提取到的只有250 bp大小的片段，有的时候根本什么也提取不到。但是，在年前做预实验的时候提取的效果是非常好的，20 kb的条带非常好。现在却怎么都重复不出来。求高人指点。
上图为现在的情况，下图为预实验提取的情况，所用maker均为Takara DL15000。

未标题-1.jpg

提取-1.png

[ Last edited by Yocan2012 on 2014-3-18 at 13:18 ]

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1楼 2014-03-18 13:16:07

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花雨sky

金虫 (小有名气)

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专业: 园艺作物采后生物学

【答案】应助回帖

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Yocan2012(西门吹雪170代发): 金币+15, 感谢热心回帖帮助 2014-03-21 21:02:41

引用回帖:

13楼: Originally posted by Yocan2012 at 2014-03-20 18:06:12
刚刚又用买来的苯酚提了一次，有很淡的条带了，但是在250 bp和1000 bp位置还是分别有非常亮的条带。我的材料是种子，里面多糖和多酚是比较多。不过我每次都用苯酚抽提2次。并且还发现一个很不理解的现象：在最后加 ...

加入乙醇之后，没有见过你这样的现象，不过你下层浅棕色是你抽提完上清液的颜色，浅棕色的话就是你的材料已经被氧化了，你是不是没有摇匀就沉淀了呀？既然多酚和多糖含量比较高，那你就用TE-NaCl清洗几次吧。用苯酚抽提的话，要注意最后一次抽提的时候就不要用苯酚了，直接用氯仿。最后加入乙醇之后，轻轻地混匀后再沉淀。