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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 诡异的dmol3？！
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 诡异的dmol3？！ 已有9人参与

背景：不论是我的pc还是我的服务器 都关闭了超线程了
pc的cpu是i3的，双核；服务器的cpu是当年E5的32nm的早期型号，两颗，每颗6核，共12核
pc是win7，服务器是centos6

是这样 一个dmol3任务 400+个原子 全都是C/H/N 无对称 无周期 方法b3lyp，加grimme的disp校正，基组dnd3.5

我放在pc上跑 只见两颗i3的核心全部飙到100% 我满意地走了 一夜又一上午过去了 结果一共跑了10个step

我怒了 这也太慢了 强制结束 扔进服务器里 只见12颗e5的核心全部飙到100% 我满意地关了xshell 跑了一下午又一晚上，早上一开 一共跑了12个step

我瞠目结舌了 这服务器还有没有节操？

[ Last edited by yjcmwgk on 2014-3-5 at 09:34 ]
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1楼 2014-03-05 09:27:17
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
13楼: Originally posted by yjcmwgk at 2014-03-08 13:07:41
我在gaussian和orca下 400原子跑b3lyp无压力 如果出现压力就用density fit 现在初入ms 发觉好多不一样...

Dmol3计算过程写硬盘的行为很频繁，有时候同样都是Double zeta的水平未必比Gaussian快到哪去。。。据说有人硬盘因参数设定不合理就写坏了。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
15楼2014-03-08 14:08:55
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你用的7.0？b3lyp可能就是慢，用纯泛函试试PBE，应该不会这么慢。
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2楼2014-03-05 11:49:37
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qzhost

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
假设CPU速度一样，12核和双核 也应该是能拉开差距的啊

内存不够会报错，我推测可能硬盘读写速度成了瓶颈

难道是装不下，虚拟内存，或者SWAP 区 反复在磁盘里倒腾这样的感觉

另外PC跑400个原子得多大内存啊。。。
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3楼2014-03-05 16:33:25
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by qzhost at 2014-03-05 16:33:25
假设CPU速度一样，12核和双核 也应该是能拉开差距的啊

内存不够会报错，我推测可能硬盘读写速度成了瓶颈

难道是装不下，虚拟内存，或者SWAP 区 反复在磁盘里倒腾这样的感觉

另外PC跑400个原子得多大内存啊 ...

其实没用多大内存啦
我的pc有4G内存 win7只给我认出来3G多 有几百兆被win7吃了
然后 平时不跑任务 系统占用七八百兆
跑这个任务的时候 内存也才占到了2.4G-2.6G的样子
其实吧 现在的PC 不配4G不幸福
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4楼2014-03-05 17:08:57
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