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Free computer tools in Structural Bioinformatics and Chemoinformatics http://www.vls3d.com/links.html Table I: Patent search Table II: Chemistry toolkits, graphics (small and macro-molecules), other links to bioinformatics and utilities Table III: ADME/tox prediction and databases Table IV: Free compound collections, target-ligand databases and utilities Table V: Small molecules 2D-to-3D, 2D or 3D search and de novo ligand builder Table VIa: Receptor 3D structures, homology modeling, structure prediction and macromolecular interaction databases Table VIb: Pocket prediction and search for functional regions on targets, analysis of interfaces, Protein docking Table VII: Comparison of binding sites/protein functional sites – protein function prediction (see also Table VIb) Table VIII: Target analysis: flexibility – energy minimization – normal modes – molecular dynamics –water molecules in target – ions – pKa and electrostatics – point mutations and related utilities Table IX: Docking and/or scoring engines for small molecule-macromolecule interactions... Support Vector Machines References (they are either in the tables or at the end) 附件： B. O. Villoutreix, N. Renault, D. Lagorce, O. Sperandio, M. Montes and M. A. Miteva Free Resources to Assist Structure-Based Virtual Ligand Screening Experiments Review Current Protein and Peptide Science, 2007, 8(4):381-411. |
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2楼2008-01-30 16:38:01
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3楼2008-02-04 23:25:06
4楼2008-04-25 15:31:42
