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vikkihe金虫 (初入文坛)
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| 计算遇到的问题。算死了，但是没有提示算死的错误代码及原因。只是算到偶极矩那里就死了。急求好心人帮忙！！现把GIF和out文件上传 |
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2014-02-26 17:50:33, 63.3 K
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zhou2009
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vikkihe: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-02-27 09:20:48
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看了一下分子，20C-31C，相距只有1.17，被GV判为三键。显然是错误了。如果将它设为单键，点击面版上的“小刷”初步优化一下，这个单键调整为1.54。 另外这两个分子之间是什么作用？从原子看应为氢键，但从现在的距离看是范德华作用。既是分子间作用，你用的方法和基组是否合用？ |
2楼2014-02-26 20:39:22
许洛
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vikkihe
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4楼2014-02-26 21:24:07
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5楼2014-02-26 21:48:57
vikkihe
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6楼2014-02-27 09:25:32
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gkf高: 金币+4 2014-02-27 17:25:06
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与其分析你的分子，不如干脆将你的输入算一下，因为是opt，还在算。 在计算还在进行的时候，程序会不断续写out文件，将out文件点击用GV打开，就可看见优化的阶段情况，现在是二者正在拉开... 你现在的问题是如何确定二者形成氢键的具体组合形式。 目前的组合形式形式似乎不能形成氢键，一个O、F同时均等地与两个H起作用，倒像是分子间的超共轭。当然还在算。 如果是氢键，是左边分子的孤对电子指向右边缺电子较多的H，现在-CH3上的H显然不是。而且给出的初始结构对于分子平面完全对称，优化并不能将这个分子平面折叠成角度，优化也不能自己找到可能的氢键格局，目前这个结构正在拉开。 你可能要选择另外的组合结构。 |
7楼2014-02-27 16:53:40
zhou2009
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8楼2014-02-27 20:27:08
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vikkihe: 金币+40, ★★★很有帮助 2014-03-07 11:41:24
vikkihe: 金币+40, ★★★很有帮助 2014-03-07 11:41:24
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计算还在继续。 因为将分子拉开距离很长，每一个步长要从头计算一遍，当初没有想到，放在正工作的机子上顺便算一下，很慢。 现在距离已经超过了氢键了，即不会形成氢键。进入了范德华作用距离，现在O---H的最近距离是3.0，F---H最近距离是2.8。右边的分子开始微有旋转，以调整二者相互作用的位置。范德华作用的可能性是有的。 为此： 1、需要重新考虑二者的组合、组装，以便考察是否会形成氢键； 2、或者将二者重叠起来，考察分子间π-π相互作用。 |
9楼2014-02-28 11:30:22