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CNV(拷贝数变异)的研究方法
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CNV(拷贝数变异)的研究方法
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各位虫友们,偶又来问问题了。
最近在分析一个基因,据报道可能存在个体拷贝数的差异,有一条BAC文库测序的数据支持,但不清楚这种CNV是否普遍存在,所以想看一下这个基因是不是存在CNV现象,如果存在,可能会研究后续的功能方面的差异。ps:两个cds相距2-3kb,核酸序列相似度达97%左右,特请教:
1. 用什么方法可以证明确实存在CNV;
2. 若做后续研究可以从哪些方面着手;
3. 若做调控不知道有什么方法可参考?
还望大家提点迷思,给点参考建议……
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2014-02-21 13:47:33
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我去,这么快就沉了?
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2014-02-22 09:53:48
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顶一顶,求关注
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2014-02-22 09:54:03
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这什么情况,完全没人理啊
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2014-02-22 18:15:31
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难道我发错主页了?
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2014-02-22 18:15:52
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我和你遇到了同样的问题;
CNV检测有两种方法,一种是基因芯片的方法,一代测序就可以搞定,但是成本较高,而且得看你的基因在人群中CNV的机率,否则样本量低的情况下,出阳性结果的机率要低。第二种就是RT-PCR方法,使用探针,根据荧光强度的多少,来计算相对改变的值。AB有探针的成品。
我也在研究这个,共同学习。
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6楼
2016-02-18 10:44:50
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【答案】应助回帖
虽然我也是刚接触的菜鸟,但还是知道一点儿,CNV检测有两种aCGH和SNP array,CNV分析常用的有GISTIC
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7楼
2016-06-27 16:47:58
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