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Carnity

新虫 (正式写手)

[求助] CNV(拷贝数变异)的研究方法 已有1人参与

各位虫友们,偶又来问问题了。
最近在分析一个基因,据报道可能存在个体拷贝数的差异,有一条BAC文库测序的数据支持,但不清楚这种CNV是否普遍存在,所以想看一下这个基因是不是存在CNV现象,如果存在,可能会研究后续的功能方面的差异。ps:两个cds相距2-3kb,核酸序列相似度达97%左右,特请教:
1. 用什么方法可以证明确实存在CNV;

2. 若做后续研究可以从哪些方面着手;

3. 若做调控不知道有什么方法可参考?

还望大家提点迷思,给点参考建议……

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Carnity

新虫 (正式写手)

我去,这么快就沉了?
2楼2014-02-22 09:53:48
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Carnity

新虫 (正式写手)

顶一顶,求关注
3楼2014-02-22 09:54:03
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Carnity

新虫 (正式写手)

这什么情况,完全没人理啊
4楼2014-02-22 18:15:31
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Carnity

新虫 (正式写手)

难道我发错主页了?
5楼2014-02-22 18:15:52
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a东莨菪碱

新虫 (初入文坛)

我和你遇到了同样的问题;
CNV检测有两种方法,一种是基因芯片的方法,一代测序就可以搞定,但是成本较高,而且得看你的基因在人群中CNV的机率,否则样本量低的情况下,出阳性结果的机率要低。第二种就是RT-PCR方法,使用探针,根据荧光强度的多少,来计算相对改变的值。AB有探针的成品。
我也在研究这个,共同学习。
6楼2016-02-18 10:44:50
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benche

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

虽然我也是刚接触的菜鸟,但还是知道一点儿,CNV检测有两种aCGH和SNP array,CNV分析常用的有GISTIC
7楼2016-06-27 16:47:58
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