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菌种鉴定中若干问题 已有1人参与
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| 我要对菌株进行鉴定，目前想做16S rDNA,之后进行进化树，API实验，以及Vitek实验，请问各位大侠这些实验分别能说明什么问题，具体应该怎么做？ |
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zhaozhibozhi
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
576142326: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-02-23 10:59:01
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16S是常用的分子标记，，用通用引物将16S片段扩增后，测序，构建系统进化树，一般可以将菌株初步鉴定到种的水平；API细菌鉴定系统是将理化指标进行数据分析，按操作说明书就行；Vitek是全自动细菌鉴定仪，主要是测几十种重要的生化反应，也是按说明进行。 综合这几种方法，基本可以鉴定菌株。 如果菌株是新种的话，DNA-DNA杂交（DDH）仍然是gold standard；当然目前有一些替代方法，比如the average nucleotide identit y (ANI)最近常代替DDH使用；也有人用MLSA代替DDH。 |
2楼2014-02-19 08:23:17
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