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576142326

木虫 (正式写手)


[求助] 菌种鉴定中若干问题 已有1人参与

我要对菌株进行鉴定,目前想做16S rDNA,之后进行进化树,API实验,以及Vitek实验,请问各位大侠这些实验分别能说明什么问题,具体应该怎么做?
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
576142326: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-02-23 10:59:01
16S是常用的分子标记,,用通用引物将16S片段扩增后,测序,构建系统进化树,一般可以将菌株初步鉴定到种的水平;API细菌鉴定系统是将理化指标进行数据分析,按操作说明书就行;Vitek是全自动细菌鉴定仪,主要是测几十种重要的生化反应,也是按说明进行。
综合这几种方法,基本可以鉴定菌株。

如果菌株是新种的话,DNA-DNA杂交(DDH)仍然是gold standard;当然目前有一些替代方法,比如the average nucleotide identit y (ANI)最近常代替DDH使用;也有人用MLSA代替DDH。
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-02-19 08:23:17
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