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576142326

木虫 (正式写手)

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专业: 细胞生物学

[求助] 菌种鉴定中若干问题已有1人参与

我要对菌株进行鉴定，目前想做16S rDNA,之后进行进化树，API实验，以及Vitek实验，请问各位大侠这些实验分别能说明什么问题，具体应该怎么做？

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1楼 2014-02-18 22:54:16

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
576142326: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-02-23 10:59:01

16S是常用的分子标记，，用通用引物将16S片段扩增后，测序，构建系统进化树，一般可以将菌株初步鉴定到种的水平；API细菌鉴定系统是将理化指标进行数据分析，按操作说明书就行；Vitek是全自动细菌鉴定仪，主要是测几十种重要的生化反应，也是按说明进行。
综合这几种方法，基本可以鉴定菌株。

如果菌株是新种的话，DNA-DNA杂交（DDH）仍然是gold standard；当然目前有一些替代方法，比如the average nucleotide identit y (ANI)最近常代替DDH使用；也有人用MLSA代替DDH。

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