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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] 请问Equilibrium isotope effects如何计算? 已有1人参与

向各位高手求助,文章审稿人让我计算Equilibrium isotope effects,但在高斯手册查到只是笼统的readisotopes,在小木虫里搜到了kinetic isotope effect (KIE)的帖子,但是两者的计算公式不一样。也有用readisotopes计算同位素效应的帖子,可是每个回复者的答案有差别,也不确定是不是适应于Equilibrium isotope effects。
请问Equilibrium isotope effects该如何计算?用高斯可以计算吗?谢谢
请问Equilibrium isotope effects如何计算?
kinetic isotope effect (KIE)


请问Equilibrium isotope effects如何计算?-1
Equilibrium isotope effects
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为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+4 2014-02-19 09:39:07
其实KIE和EIE可以用同样的方法计算,区别就是计算反应物-过渡态还是反应物-产物过程的isotope effect。具体公的讲述Cramer的书里应该有,基本思想就是转动和振动(主要是后者)配分函数的mass-dependency导致了反应速率常数或平衡常数会被同位素取代所改变(前者为KIE,后者则是EIE了)。你的两张图上列出了两种不同的方法,第一个公式大概是直接把配分函数的表达式代入Eyring方程得到的,第二个像是Bigeleisen-Mayer方程(原始文献是Bigeleisen的一篇JCP,大概是1948-49年,记不清了...)。具体到计算上,可以有如下两种方法:
1.对反应物和产物结构作同位素取代(readisotope)后作振动分析,得到各个配分函数的值,然后和未同位素取代的反应物和产物的配分函数一起代入公式1(把过渡态#换成产物就行)。或者,更直接地,看公式1左边,可以直接把同位素取代和未取代的两个反应的K直接算出来(K = exp(-dG/RT))然后比一下,是等价的。
2.做同样的计算,不过不取用配分函数而取频率值,代入2.(2里的u就是频率,注意高斯输出的是波数,需要转换一下)。
两种方法都可以自己写个简单的脚本实现的。
理论与计算化学,化学物理,生物物理
2楼2014-02-19 08:37:46
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

引用回帖:
2楼: Originally posted by agent99 at 2014-02-19 08:37:46
其实KIE和EIE可以用同样的方法计算,区别就是计算反应物-过渡态还是反应物-产物过程的isotope effect。具体公的讲述Cramer的书里应该有,基本思想就是转动和振动(主要是后者)配分函数的mass-dependency导致了反应 ...

非常感谢您的解答,这天阅读了审稿人给我的一篇文献,文章说明用ISOEFF98计算,但我进不去官网下载不了,请问我该怎么办?用您说的写脚本去计算?
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
3楼2014-02-19 23:37:27
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
游子8921: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2014-02-20 09:13:47
发email给isoeff的作者piotr paneth试试?
理论与计算化学,化学物理,生物物理
4楼2014-02-20 04:19:21
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

引用回帖:
2楼: Originally posted by agent99 at 2014-02-19 08:37:46
其实KIE和EIE可以用同样的方法计算,区别就是计算反应物-过渡态还是反应物-产物过程的isotope effect。具体公的讲述Cramer的书里应该有,基本思想就是转动和振动(主要是后者)配分函数的mass-dependency导致了反应 ...

抱歉,再请教您一个问题:KIE和EIE两种方法他们的应用有什么区别?KIE应用的很多,但EIE却使用的很少,我查了文献,有文章说EIE值大小和氢键长度有关不知是否正确,谢谢
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
5楼2014-04-04 12:17:38
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

引用回帖:
5楼: Originally posted by 游子8921 at 2014-04-03 23:17:38
抱歉,再请教您一个问题:KIE和EIE两种方法他们的应用有什么区别?KIE应用的很多,但EIE却使用的很少,我查了文献,有文章说EIE值大小和氢键长度有关不知是否正确,谢谢...

KIE可以表征决速步过渡态的一些性质,所以机理研究中常用到。至于你说的EIE和氢键长度,能否具体到特定体系?
理论与计算化学,化学物理,生物物理
6楼2014-04-05 01:36:19
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

引用回帖:
6楼: Originally posted by agent99 at 2014-04-05 01:36:19
KIE可以表征决速步过渡态的一些性质,所以机理研究中常用到。至于你说的EIE和氢键长度,能否具体到特定体系?...

这篇文章最后部分,谢谢

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  • 附件 1 : Equilibrium_Isotope_Effects_on_the_Crotonase_Reaction.pdf
  • 2014-04-05 09:42:26, 612.83 K
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
7楼2014-04-05 09:42:47
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CKX

木虫 (著名写手)

好的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2014-04-06 06:36:38
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

引用回帖:
8楼: Originally posted by CKX at 2014-04-06 06:36:38
好的

什么意思
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
9楼2014-04-06 09:01:18
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gdzhzeh

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by agent99 at 2014-02-19 08:37:46
其实KIE和EIE可以用同样的方法计算,区别就是计算反应物-过渡态还是反应物-产物过程的isotope effect。具体公的讲述Cramer的书里应该有,基本思想就是转动和振动(主要是后者)配分函数的mass-dependency导致了反应 ...

请问如何从高斯的out文件取数值来计算图片中的公式的I,附件中有我们所有的OUT文件
请问Equilibrium isotope effects如何计算?-2
w291h685694_1392605283_393.png

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  • 附件 1 : KIE.zip
  • 2014-05-10 19:11:40, 85.26 K
10楼2014-05-10 19:12:36
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