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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Molpro/Molcas » Molpro内存不足
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beefly

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地沟油冶炼专家
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gkf高: 金币+3 2014-02-19 10:37:40
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8楼: Originally posted by tiechong at 2014-02-18 13:12:59
rs2c不能算multi-state caspt2啊，我是要一起解10个态，这个单独解容易遇上收敛的问题吧
如果单独解一个rs2c第2个态该用什么casscf参考态，貌似casscf不能单独解第2个态，
...

casscf用态平均，不会遇到你说的问题。
ms-caspt2有两种做法，一是每个态分别做caspt2，然后一起做ms；二是所有态一起做caspt2，然后做ms。随着态数的增加，后一种方法比前者快很多。gamess的mcqdpt和molcas的ms-caspt2用的后一种方法。molpro的rs2模块本来计算效率就不高，而且还用第一种做法，因此就更耗时、耗内存。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
11楼2014-02-18 21:00:20
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tiechong

金虫 (著名写手)
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10楼: Originally posted by 十三个西瓜 at 2014-02-18 14:07:31
减少核数，增大内存

每个核就2GB，是不是做molpro里的caspt2都要很大内存的核？
还是这个node里8个核所有的内存2gb*8=16GB都可以为我所用
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12楼2014-02-19 12:53:35
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tiechong

金虫 (著名写手)
内容已删除
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13楼2014-02-19 12:59:04
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beefly

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gkf高: 金币+5 2014-02-19 21:01:22
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13楼: Originally posted by tiechong at 2014-02-19 12:59:04
可不可以说gamess的casscf和caspt2这类的计算也不输给molpro？似乎molpro的ccsd并行还是可以的？但是除此以外molpro对比免费软件gamess优势不大？...

molpro的CASSCF无论是收敛速度还是每一步的计算速度都是最快的，大约比其他程序的CASSCF收敛速度快一个数量级，计算速度快1-2个数量级。其中基于行列式的算法速度最快，基于组态的算法稍慢，但是可以做组态筛选。缺点是对初始波函的质量要求很高，对于极个别的高对称过渡金属体系激发态，有时候结构稍微变一点就不收敛了，或者根本就不收敛。

其他程序的CASSCF收敛速度都相对较慢，往往要迭代几十步到上百步（这里不考虑H2、HF这类Gaussian都能做的简单情况）。不过相对来说，gamess，molcas的CASSCF要好一些，因为每一步迭代的速度还比较快，而且对初始波函的质量不太挑剔，比molpro好养活，但是结果对初始波函有一些依赖性：使用不同的相邻结构产生的初始波函，能量可能有一些差别，虽然误差很小，但是一旦做MRCI或CASPT2，误差就会放大几十到几百倍，导致势能面存在噪声。如果在gamess，molcas里面选一个的话，推荐molcas。虽然gamess包含多个CASSCF以及MCSCF模块，但是不适合初学者，因为关键词、输入风格、功能完全不统一，最早的时候甚至连对称性符号都是各用各的，会把人搞糊涂。特别是功能最多的行列式CASSCF模块，算单重态的时候很有可能会得到来打酱油的三重态。

现在很热门的ORCA程序在CASSCF计算方面仍有欠缺，虽然CASSCF输入风格像molpro一样简单灵活，但是计算速度比Gaussian快点有限。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
14楼2014-02-19 13:41:45
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chrinide

木虫 (正式写手)
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14楼: Originally posted by beefly at 2014-02-19 13:41:45
molpro的CASSCF无论是收敛速度还是每一步的计算速度都是最快的，大约比其他程序的CASSCF收敛速度快一个数量级，计算速度快1-2个数量级。其中基于行列式的算法速度最快，基于组态的算法稍慢，但是可以做组态筛选。缺 ...

怎么不试试 FireFly的 XMCQDPT。
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未知必须借由更深的未知去获悉，隐晦必须借由更深的隐晦来明了
15楼2014-02-19 14:01:12
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beefly

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15楼: Originally posted by chrinide at 2014-02-19 14:01:12
怎么不试试 FireFly的 XMCQDPT。...

CASPT2级别的计算我还没说。除了FireFly以外，Molpro从2012版开始也可以做类似的XMS-CASPT2计算，优点是有解析梯度，而且能用密度拟合算大体系
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
16楼2014-02-19 20:40:35
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tiechong

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9楼: Originally posted by fatpig8832 at 2014-02-18 13:38:21
从一开始我就很奇怪“每个cpu有2GB的内存”这种说法...内存跟cpu有这种联系的吗？在总内存足够的时候，分配给单个cpu的内存难道不是想多大就多大吗...
楼主的意思如果是指每个node有8个cpu和16G内存，那可以试试四 ...

俺不是专业做理论的,外行了.看来是说每个node有8个cpu和16G内存的话,用一个cpu也可以用16G内存了
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17楼2014-02-20 13:17:34
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chrinide

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gkf高: 金币+2 2014-02-20 15:40:09
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16楼: Originally posted by beefly at 2014-02-19 20:40:35
CASPT2级别的计算我还没说。除了FireFly以外，Molpro从2012版开始也可以做类似的XMS-CASPT2计算，优点是有解析梯度，而且能用密度拟合算大体系...

XMS-CASPT2 可以看作XMCQDPT的internally-contracted近似。不知道Molpro的解析梯度速度如何，对于这种级别的计算，可能数值梯度计算会更快些，FireFly处理大体系可用使用Resolvent-fitting，速度非常快。
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未知必须借由更深的未知去获悉，隐晦必须借由更深的隐晦来明了
18楼2014-02-20 13:43:27
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fatpig8832

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17楼: Originally posted by tiechong at 2014-02-20 13:17:34
俺不是专业做理论的,外行了.看来是说每个node有8个cpu和16G内存的话,用一个cpu也可以用16G内存了...

是的，一个cpu用64G内存我都干过...

要注意的是：在molpro里，你如果指定n个cpu并行的话，那么实际上会有1个cpu做为“主管”是不占用内存的，其他(n-1)个cpu做为“苦力”才占用内存。除非你只用了1个cpu。这一点可以在molpro任务运行时用top命令看到。

所以总的使用内存其实是(n-1)个cpu乘上你input file里的指定内存。
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19楼2014-02-20 16:41:43
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beefly

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18楼: Originally posted by chrinide at 2014-02-20 13:43:27
XMS-CASPT2 可以看作XMCQDPT的internally-contracted近似。不知道Molpro的解析梯度速度如何，对于这种级别的计算，可能数值梯度计算会更快些，FireFly处理大体系可用使用Resolvent-fitting，速度非常快。...

molpro的rs2c模块非常快，但是不能做ms-caspt2和解析梯度计算
能做这些计算的rs2模块比较慢。2012版支持密度拟合，能快一些
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
20楼2014-02-20 20:45:58
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