应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Molpro/Molcas » Molpro内存不足
232/3返回列表上一页123下一页
查看: 4251  |  回复: 22
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gkf高: 金币+3 2014-02-19 10:37:40
引用回帖:
8楼: Originally posted by tiechong at 2014-02-18 13:12:59
rs2c不能算multi-state caspt2啊，我是要一起解10个态，这个单独解容易遇上收敛的问题吧
如果单独解一个rs2c第2个态该用什么casscf参考态，貌似casscf不能单独解第2个态，
...

casscf用态平均，不会遇到你说的问题。
ms-caspt2有两种做法，一是每个态分别做caspt2，然后一起做ms；二是所有态一起做caspt2，然后做ms。随着态数的增加，后一种方法比前者快很多。gamess的mcqdpt和molcas的ms-caspt2用的后一种方法。molpro的rs2模块本来计算效率就不高，而且还用第一种做法，因此就更耗时、耗内存。
赞一下 回复此楼
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
11楼2014-02-18 21:00:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiechong

金虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 十三个西瓜 at 2014-02-18 14:07:31
减少核数，增大内存

每个核就2GB，是不是做molpro里的caspt2都要很大内存的核？
还是这个node里8个核所有的内存2gb*8=16GB都可以为我所用
赞一下 回复此楼
12楼2014-02-19 12:53:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiechong

金虫 (著名写手)
内容已删除
回复此楼
13楼2014-02-19 12:59:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gkf高: 金币+5 2014-02-19 21:01:22
引用回帖:
13楼: Originally posted by tiechong at 2014-02-19 12:59:04
可不可以说gamess的casscf和caspt2这类的计算也不输给molpro？似乎molpro的ccsd并行还是可以的？但是除此以外molpro对比免费软件gamess优势不大？...

molpro的CASSCF无论是收敛速度还是每一步的计算速度都是最快的，大约比其他程序的CASSCF收敛速度快一个数量级，计算速度快1-2个数量级。其中基于行列式的算法速度最快，基于组态的算法稍慢，但是可以做组态筛选。缺点是对初始波函的质量要求很高，对于极个别的高对称过渡金属体系激发态，有时候结构稍微变一点就不收敛了，或者根本就不收敛。

其他程序的CASSCF收敛速度都相对较慢，往往要迭代几十步到上百步（这里不考虑H2、HF这类Gaussian都能做的简单情况）。不过相对来说，gamess，molcas的CASSCF要好一些，因为每一步迭代的速度还比较快，而且对初始波函的质量不太挑剔，比molpro好养活，但是结果对初始波函有一些依赖性：使用不同的相邻结构产生的初始波函，能量可能有一些差别，虽然误差很小，但是一旦做MRCI或CASPT2，误差就会放大几十到几百倍，导致势能面存在噪声。如果在gamess，molcas里面选一个的话，推荐molcas。虽然gamess包含多个CASSCF以及MCSCF模块，但是不适合初学者，因为关键词、输入风格、功能完全不统一，最早的时候甚至连对称性符号都是各用各的，会把人搞糊涂。特别是功能最多的行列式CASSCF模块，算单重态的时候很有可能会得到来打酱油的三重态。

现在很热门的ORCA程序在CASSCF计算方面仍有欠缺，虽然CASSCF输入风格像molpro一样简单灵活，但是计算速度比Gaussian快点有限。
赞一下 回复此楼
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
14楼2014-02-19 13:41:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chrinide

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by beefly at 2014-02-19 13:41:45
molpro的CASSCF无论是收敛速度还是每一步的计算速度都是最快的，大约比其他程序的CASSCF收敛速度快一个数量级，计算速度快1-2个数量级。其中基于行列式的算法速度最快，基于组态的算法稍慢，但是可以做组态筛选。缺 ...

怎么不试试 FireFly的 XMCQDPT。
赞一下 回复此楼
未知必须借由更深的未知去获悉，隐晦必须借由更深的隐晦来明了
15楼2014-02-19 14:01:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by chrinide at 2014-02-19 14:01:12
怎么不试试 FireFly的 XMCQDPT。...

CASPT2级别的计算我还没说。除了FireFly以外，Molpro从2012版开始也可以做类似的XMS-CASPT2计算，优点是有解析梯度，而且能用密度拟合算大体系
赞一下 回复此楼
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
16楼2014-02-19 20:40:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiechong

金虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fatpig8832 at 2014-02-18 13:38:21
从一开始我就很奇怪“每个cpu有2GB的内存”这种说法...内存跟cpu有这种联系的吗？在总内存足够的时候，分配给单个cpu的内存难道不是想多大就多大吗...
楼主的意思如果是指每个node有8个cpu和16G内存，那可以试试四 ...

俺不是专业做理论的,外行了.看来是说每个node有8个cpu和16G内存的话,用一个cpu也可以用16G内存了
赞一下 回复此楼
17楼2014-02-20 13:17:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chrinide

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gkf高: 金币+2 2014-02-20 15:40:09
引用回帖:
16楼: Originally posted by beefly at 2014-02-19 20:40:35
CASPT2级别的计算我还没说。除了FireFly以外，Molpro从2012版开始也可以做类似的XMS-CASPT2计算，优点是有解析梯度，而且能用密度拟合算大体系...

XMS-CASPT2 可以看作XMCQDPT的internally-contracted近似。不知道Molpro的解析梯度速度如何，对于这种级别的计算，可能数值梯度计算会更快些，FireFly处理大体系可用使用Resolvent-fitting，速度非常快。
赞一下 回复此楼
未知必须借由更深的未知去获悉，隐晦必须借由更深的隐晦来明了
18楼2014-02-20 13:43:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
17楼: Originally posted by tiechong at 2014-02-20 13:17:34
俺不是专业做理论的,外行了.看来是说每个node有8个cpu和16G内存的话,用一个cpu也可以用16G内存了...

是的，一个cpu用64G内存我都干过...

要注意的是：在molpro里，你如果指定n个cpu并行的话，那么实际上会有1个cpu做为“主管”是不占用内存的，其他(n-1)个cpu做为“苦力”才占用内存。除非你只用了1个cpu。这一点可以在molpro任务运行时用top命令看到。

所以总的使用内存其实是(n-1)个cpu乘上你input file里的指定内存。
赞一下 回复此楼
19楼2014-02-20 16:41:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by chrinide at 2014-02-20 13:43:27
XMS-CASPT2 可以看作XMCQDPT的internally-contracted近似。不知道Molpro的解析梯度速度如何，对于这种级别的计算，可能数值梯度计算会更快些，FireFly处理大体系可用使用Resolvent-fitting，速度非常快。...

molpro的rs2c模块非常快，但是不能做ms-caspt2和解析梯度计算
能做这些计算的rs2模块比较慢。2012版支持密度拟合，能快一些
赞一下 回复此楼
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
20楼2014-02-20 20:45:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tiechong 的主题更新
232/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭