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1楼2014-02-13 13:43:19

ljmmarise

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【答案】应助回帖

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紫轩竹123456: 金币+8 2014-02-16 08:52:07

1.一般是3-4埃之间的就可以，
2. 还要看是否是苯环-苯环，芳香五元环-芳香五元环，苯环-芳香五元环，。。。
3. 比如这种情况下就不算pi...pi作用了，一个环已烷和一个苯环间的Cg-Cg = 3.5，虽然落在3.。。-4.0间，但是不能算作pi...pi作用了

2楼2014-02-13 18:13:13

紫轩竹123456

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引用回帖:

2楼: Originally posted by ljmmarise at 2014-02-13 18:13:13
1.一般是3-4埃之间的就可以，
2. 还要看是否是苯环-苯环，芳香五元环-芳香五元环，苯环-芳香五元环，。。。
3. 比如这种情况下就不算pi...pi作用了，一个环已烷和一个苯环间的Cg-Cg = 3.5，虽然落在3.。。-4.0间， ...

亲，那个我已经找到哪个还之间有作用力，也看到上面相应的环对应的原子序数，可是我在diamond2里面根据原子序数找的环之间插入假原子，再把两个假原子之间用长键的链接起来，那个键长就达到了10以上，但是计算的环4和环10只有三点多，不到四，求助，怎么在diaMond里面找到合适的环的方法，感谢了！

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3楼2014-02-16 08:51:55

ljmmarise

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根本就不要你自己去连接了，你插入了假原子，设定假原子的距离自己生长即可，这个涉及到diamond的使用，慢慢摸索就会了。

4楼2014-02-16 11:12:14

紫轩竹123456

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引用回帖:

4楼: Originally posted by ljmmarise at 2014-02-16 11:12:14
根本就不要你自己去连接了，你插入了假原子，设定假原子的距离自己生长即可，这个涉及到diamond的使用，慢慢摸索就会了。

不知道我根据算出的lst文件显示碳原子序数找出环再插入假原子，这种方法对不对啊？可是用diamond也要加入两个假原子啊，那我直接插入假原子，再设定键长那个就好了吗，我是个初学者，还望大牛能指点一下，您能说下步骤，我试着画下吗，谢谢了哦

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5楼2014-02-17 10:11:09

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