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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » molecular dynamics (MD) simulations, 高斯中如何做！
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lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人

[求助] molecular dynamics (MD) simulations, 高斯中如何做！ 已有1人参与

molecular dynamics (MD) simulations, 高斯中如何做！ 谢谢各位，必有重谢！

图片文献来源：JACS, 2008，130， 1694-1698.
molecular dynamics (MD) simulations, 高斯中如何做！
截图00.jpg
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1楼 2014-02-11 13:51:09
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lixiaona158: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-02-11 17:05:39
lixiaona158: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-02-11 17:11:46
高斯里用ADMP或BOMD关键词，高斯自带的测试文件里就有对应的例子，如test492、test583、test584、test741

简单一例
#p pm6 bomd(maxpoint=200)

BOMD

0  1
O                  0.075150    0.096098   -1.507165
H                 -0.462357   -0.557423   -1.961913
H                 -0.079898   -0.050739   -0.561441
O                 -0.053443   -0.095577    1.387884
H                 -0.496229    0.648590    1.807419
H                  0.864829   -0.044600    1.670178
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2楼2014-02-11 16:23:31
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lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-02-11 16:23:31
高斯里用ADMP或BOMD关键词，高斯自带的测试文件里就有对应的例子，如test492、test583、test584、test741

简单一例
#p pm6 bomd(maxpoint=200)

BOMD

0  1
O                  0.075150    0.096098    ...

太感谢了，我先拿个小分子实验一下，不懂的还得像你请教！
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3楼2014-02-11 17:04:58
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lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-02-11 16:23:31
高斯里用ADMP或BOMD关键词，高斯自带的测试文件里就有对应的例子，如test492、test583、test584、test741

简单一例
#p pm6 bomd(maxpoint=200)

BOMD

0  1
O                  0.075150    0.096098    ...

朋友，你有没有已经算好文件的输入和输出发我个例子，我将再送100金币表示感谢！lxn@iccas.ac.cn
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4楼2014-02-11 17:13:06
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★
zhou2009: 金币+3 2014-02-11 19:52:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by lixiaona158 at 2014-02-11 17:13:06
朋友，你有没有已经算好文件的输入和输出发我个例子，我将再送100金币表示感谢！lxn@iccas.ac.cn...

你就用我给的这个例子直接算就行了，PM6算得很快，四核机子上不超过10分钟就能算完。之后用gview打开输出文件就能看到动力学轨迹了。如果想再精确点，可以再改成比如B3LYP/6-31+G**。
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5楼2014-02-11 18:38:24
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lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人
引用回帖:
5楼: Originally posted by sobereva at 2014-02-11 18:38:24
你就用我给的这个例子直接算就行了，PM6算得很快，四核机子上不超过10分钟就能算完。之后用gview打开输出文件就能看到动力学轨迹了。如果想再精确点，可以再改成比如B3LYP/6-31+G**。...

谢谢，你给我的例子可以计算，我还有个疑问，比如我想算两个分子到一起反应后会不会生成另外两个产物，那么对最初的距离和两个反应物的初始速度怎么设置！
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6楼2014-02-12 08:26:01
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lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人
引用回帖:
6楼: Originally posted by lixiaona158 at 2014-02-12 08:26:01
谢谢，你给我的例子可以计算，我还有个疑问，比如我想算两个分子到一起反应后会不会生成另外两个产物，那么对最初的距离和两个反应物的初始速度怎么设置！...

实在不好意思，我没做过这个，问题比较多，开始的结构可以是反应中的第一个过渡态的结构吗，谢谢！
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7楼2014-02-12 09:03:56
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
6楼: Originally posted by lixiaona158 at 2014-02-12 08:26:01
谢谢，你给我的例子可以计算，我还有个疑问，比如我想算两个分子到一起反应后会不会生成另外两个产物，那么对最初的距离和两个反应物的初始速度怎么设置！...

可以考虑让两个分子以足够的速度、在合适的相对朝向下相向而行发生碰撞，直接用过渡态为初始结构也可以。
这类计算的文章有很多，建议多看看来找找感觉
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8楼2014-02-12 13:11:39
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