[求助] molecular dynamics (MD) simulations, 高斯中如何做！已有1人参与

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1楼2014-02-11 13:51:09

lixiaona158

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2楼: Originally posted by sobereva at 2014-02-11 16:23:31
高斯里用ADMP或BOMD关键词，高斯自带的测试文件里就有对应的例子，如test492、test583、test584、test741

简单一例
#p pm6 bomd(maxpoint=200)

BOMD

0 1
O 0.075150 0.096098 ...

太感谢了，我先拿个小分子实验一下，不懂的还得像你请教！

3楼2014-02-11 17:04:58

lixiaona158

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朋友，你有没有已经算好文件的输入和输出发我个例子，我将再送100金币表示感谢！lxn@iccas.ac.cn

4楼2014-02-11 17:13:06

lixiaona158

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5楼: Originally posted by sobereva at 2014-02-11 18:38:24
你就用我给的这个例子直接算就行了，PM6算得很快，四核机子上不超过10分钟就能算完。之后用gview打开输出文件就能看到动力学轨迹了。如果想再精确点，可以再改成比如B3LYP/6-31+G**。...

谢谢，你给我的例子可以计算，我还有个疑问，比如我想算两个分子到一起反应后会不会生成另外两个产物，那么对最初的距离和两个反应物的初始速度怎么设置！

6楼2014-02-12 08:26:01

lixiaona158

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6楼: Originally posted by lixiaona158 at 2014-02-12 08:26:01
谢谢，你给我的例子可以计算，我还有个疑问，比如我想算两个分子到一起反应后会不会生成另外两个产物，那么对最初的距离和两个反应物的初始速度怎么设置！...

实在不好意思，我没做过这个，问题比较多，开始的结构可以是反应中的第一个过渡态的结构吗，谢谢！

7楼2014-02-12 09:03:56