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lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人

[求助] molecular dynamics (MD) simulations, 高斯中如何做!已有1人参与

molecular dynamics (MD) simulations, 高斯中如何做! 谢谢各位,必有重谢!

图片文献来源:JACS, 2008,130, 1694-1698.
molecular dynamics (MD) simulations, 高斯中如何做!
截图00.jpg
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sobereva

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lixiaona158: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-02-11 17:05:39
lixiaona158: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-02-11 17:11:46
高斯里用ADMP或BOMD关键词,高斯自带的测试文件里就有对应的例子,如test492、test583、test584、test741

简单一例
#p pm6 bomd(maxpoint=200)

BOMD

0  1
O                  0.075150    0.096098   -1.507165
H                 -0.462357   -0.557423   -1.961913
H                 -0.079898   -0.050739   -0.561441
O                 -0.053443   -0.095577    1.387884
H                 -0.496229    0.648590    1.807419
H                  0.864829   -0.044600    1.670178
2楼2014-02-11 16:23:31
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lixiaona158

木虫 (著名写手)

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引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-02-11 16:23:31
高斯里用ADMP或BOMD关键词,高斯自带的测试文件里就有对应的例子,如test492、test583、test584、test741

简单一例
#p pm6 bomd(maxpoint=200)

BOMD

0  1
O                  0.075150    0.096098    ...

太感谢了,我先拿个小分子实验一下,不懂的还得像你请教!
3楼2014-02-11 17:04:58
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lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人

引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-02-11 16:23:31
高斯里用ADMP或BOMD关键词,高斯自带的测试文件里就有对应的例子,如test492、test583、test584、test741

简单一例
#p pm6 bomd(maxpoint=200)

BOMD

0  1
O                  0.075150    0.096098    ...

朋友,你有没有已经算好文件的输入和输出发我个例子,我将再送100金币表示感谢!lxn@iccas.ac.cn
4楼2014-02-11 17:13:06
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zhou2009: 金币+3 2014-02-11 19:52:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by lixiaona158 at 2014-02-11 17:13:06
朋友,你有没有已经算好文件的输入和输出发我个例子,我将再送100金币表示感谢!lxn@iccas.ac.cn...

你就用我给的这个例子直接算就行了,PM6算得很快,四核机子上不超过10分钟就能算完。之后用gview打开输出文件就能看到动力学轨迹了。如果想再精确点,可以再改成比如B3LYP/6-31+G**。
5楼2014-02-11 18:38:24
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lixiaona158

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引用回帖:
5楼: Originally posted by sobereva at 2014-02-11 18:38:24
你就用我给的这个例子直接算就行了,PM6算得很快,四核机子上不超过10分钟就能算完。之后用gview打开输出文件就能看到动力学轨迹了。如果想再精确点,可以再改成比如B3LYP/6-31+G**。...

谢谢,你给我的例子可以计算,我还有个疑问,比如我想算两个分子到一起反应后会不会生成另外两个产物,那么对最初的距离和两个反应物的初始速度怎么设置!
6楼2014-02-12 08:26:01
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lixiaona158

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引用回帖:
6楼: Originally posted by lixiaona158 at 2014-02-12 08:26:01
谢谢,你给我的例子可以计算,我还有个疑问,比如我想算两个分子到一起反应后会不会生成另外两个产物,那么对最初的距离和两个反应物的初始速度怎么设置!...

实在不好意思,我没做过这个,问题比较多,开始的结构可以是反应中的第一个过渡态的结构吗,谢谢!
7楼2014-02-12 09:03:56
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sobereva

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引用回帖:
6楼: Originally posted by lixiaona158 at 2014-02-12 08:26:01
谢谢,你给我的例子可以计算,我还有个疑问,比如我想算两个分子到一起反应后会不会生成另外两个产物,那么对最初的距离和两个反应物的初始速度怎么设置!...

可以考虑让两个分子以足够的速度、在合适的相对朝向下相向而行发生碰撞,直接用过渡态为初始结构也可以。
这类计算的文章有很多,建议多看看来找找感觉
8楼2014-02-12 13:11:39
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