应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs 如何选出基团附近特定范围内的分子
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1073  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

quantumzx

木虫 (初入文坛)

[求助] Gromacs 如何选出基团附近特定范围内的分子 已有1人参与

我做了一个DNA分子在水溶液中的MD simulation,
并从 .trr 文件生成了每隔几ps 的构型输出到了 .pdb文件
现在我需要把一个碱基和周围特定半径内的水分子选出来做QM计算，
请问如何从 .pdb file 中找到这些水分子？
谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
qchem
1楼 2014-01-28 07:36:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-29 09:37:48
本帖内容被屏蔽
5楼2014-01-29 07:55:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-28 20:48:47
quantumzx: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-01-29 01:12:56
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-28 11:13:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

quantumzx

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-28 11:13:03
使用pymol的around功能，选出某对象附近的东西

多谢，回去试一下
回复此楼
qchem
3楼2014-01-29 01:13:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

quantumzx

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-28 11:13:03
使用pymol的around功能，选出某对象附近的东西

我现在用pymol选出了我要的原子，请问能不能输出这些原子的序号到一个text文件呢？谢谢！
赞一下 回复此楼
qchem
4楼2014-01-29 06:18:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 285求调剂 +10 哦呦呼o 2026-04-04 10/500 2026-04-05 06:10 by MOFglass
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 pz2rtogely 2026-04-03 4/200 2026-04-04 22:52 by 4kq94j3ob2
[考研] 材料专硕 调剂 +13 CXN123456 2026-04-03 13/650 2026-04-04 21:59 by hemengdong
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +11 yelck 2026-04-03 12/600 2026-04-04 19:52 by dongzh2009
[考研] [调剂信息]085408光电信息 求调剂 总分291分数一英一 +3 iz11az 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:09 by 蓝云思雨
[考研] 295求调剂 +6 xndjjj 2026-04-04 6/300 2026-04-04 16:52 by dongzh2009
[考研] 求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319 +21 678lucky 2026-03-31 26/1300 2026-04-04 16:22 by dongzh2009
[考研] 268求调剂 +8 你好tg 2026-04-03 9/450 2026-04-04 05:08 by gswylq
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +7 相信必会光芒万� 2026-04-02 7/350 2026-04-03 16:48 by rzh123456
[考研] 286求调剂 +7 Faune 2026-03-30 7/350 2026-04-03 10:14 by linyelide
[考研] 309求调剂 +14 呆菇不是戴夫 2026-04-02 14/700 2026-04-03 09:42 by 蓝云思雨
[考研] 301求调剂 +4 细胞相关蛋白 2026-04-02 8/400 2026-04-02 16:30 by 271179835
[考研] 土木304求调剂 +6 兔突突突， 2026-03-31 7/350 2026-04-02 09:06 by coolminer
[考研] 085410 一志愿211 22408分数359求调剂 +3 123456789qw 2026-03-31 4/200 2026-04-02 00:06 by 义文wang
[考研] 286求调剂 +5 Sa67890. 2026-04-01 7/350 2026-04-01 19:50 by 6781022
[硕博家园] 考研调剂 +5 骆驼男人 2026-04-01 5/250 2026-04-01 14:28 by syjjj0321
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-29 10/500 2026-03-31 19:52 by Dyhoer
[考研] 085601英二数二求调剂 总分325 +4 余航航 2026-03-31 4/200 2026-03-31 17:38 by 唐沐儿
[考研] 考研调剂求助 +7 13287130938 2026-03-31 7/350 2026-03-31 16:39 by 690616278
[考研] 一志愿大连理工大学，机械工程学硕，341 +3 西瓜田的守望者 2026-03-30 3/150 2026-03-31 11:08 by asdfzly
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭