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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs 如何选出基团附近特定范围内的分子
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quantumzx

木虫 (初入文坛)

[求助] Gromacs 如何选出基团附近特定范围内的分子 已有1人参与

我做了一个DNA分子在水溶液中的MD simulation,
并从 .trr 文件生成了每隔几ps 的构型输出到了 .pdb文件
现在我需要把一个碱基和周围特定半径内的水分子选出来做QM计算，
请问如何从 .pdb file 中找到这些水分子？
谢谢!
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qchem
1楼 2014-01-28 07:36:25
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-28 20:48:47
quantumzx: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-01-29 01:12:56
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-28 11:13:03
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quantumzx

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-28 11:13:03
使用pymol的around功能，选出某对象附近的东西

多谢，回去试一下
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qchem
3楼2014-01-29 01:13:01
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quantumzx

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-28 11:13:03
使用pymol的around功能，选出某对象附近的东西

我现在用pymol选出了我要的原子，请问能不能输出这些原子的序号到一个text文件呢？谢谢！
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qchem
4楼2014-01-29 06:18:34
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-29 09:37:48
本帖内容被屏蔽
5楼2014-01-29 07:55:57
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quantumzx

木虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-29 09:38:01
引用回帖:
5楼: Originally posted by smutao at 2014-01-29 07:55:57
选定这些残基后，命名，比如为aaa
save ~/Desktop/export.pdb,aaa
导出为pdb文件

这样的话是把选定的基团单独拿出来重新生成了一个pdb文件，
我是想问说能不能直接把这些基团在最开始的pdb文件中的原子序号给输出来。
如果不能的话我只能通过坐标去原文件里找了。
再次感谢您的热心回复。
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qchem
6楼2014-01-29 08:50:06
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-29 09:38:13
本帖内容被屏蔽
7楼2014-01-29 08:55:12
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