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stjdrw

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何计算有机分子在金属表面吸附的总势能 已有1人参与

我用MS的discover模块对一个有机分子在金属表面的吸附作了动力学模拟,得到了一个.xtd的轨迹文件,在计算这个体系的总势能时,请问需要将哪个文件置为当前的活动文件,是整个轨迹文件,还是轨迹文件中的某一帧,或是其他?
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smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-19 18:46:36
本帖内容被屏蔽

2楼2014-01-19 16:16:40
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stjdrw

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-20 19:28:45
假如我已将平衡轨迹确定为最后50帧,是否需要将这50帧逐一设定为当前帧,然后对每一帧来计算能量吗?算完了是不是再求平均值?
3楼2014-01-20 11:03:50
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