应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？
111/2返回列表12下一页
查看: 1858  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jiafeimao236

银虫 (正式写手)

[求助] MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？

MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？我看文章中的结果都是越来越严重，键断裂的越来越多呢？？
哪里设置有问题吗？
新手，求指导！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2014-01-19 11:18:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiafeimao236: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-21 17:14:31
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-01-21 18:15:56
总模拟时间太短了。
热分解是很长时间的过程，在模拟初期完全可能出现重新成键的可能，合理的办法应该是有个窗口期来判断是真正断键，还是偶尔断开。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2014-01-21 16:29:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiafeimao236: 金币+10 2014-01-21 18:39:23
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-22 10:05:09
之前是否测试过参数设置，是否平衡过，还有你的模拟时间太短了。你有多少个分子，有么有依据？
赞一下(1人) 回复此楼
快乐吧
8楼2014-01-21 18:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-20 15:00:34
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-19 21:37:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

我建完模，用dmol进行了优化，然后进行dynamics计算，设置参数如下：
ensemble：NVT，Temperature：900K，Time step：1fs，total simulation time：0.5ps，Thermostat：Simple NH Functional： GGA，BLYP
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-19 21:59:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

主要是我刚接触这个软件，参数不知道什么意思。其余参数还需要特殊设置吗？真的是非常感谢您的关注。
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-19 22:05:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

这是我其它一些参数的设置，您能帮我看下吗？
MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？
IMG_Ali_00109.jpg


MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？-1
IMG_Ali_00110.jpg
赞一下 回复此楼
5楼2014-01-19 22:21:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xujc1983 at 2014-01-21 16:29:45
总模拟时间太短了。
热分解是很长时间的过程，在模拟初期完全可能出现重新成键的可能，合理的办法应该是有个窗口期来判断是真正断键，还是偶尔断开。

非常感谢您的帮助，我做C20H42的分解，时间设置多少合适呢？
还有，我上述参数设置，还有问题吗？
您之前做过这方面的吗？判断键是否断裂的窗口在哪呢？
赞一下 回复此楼
7楼2014-01-21 17:17:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2014-01-21 18:20:45
之前是否测试过参数设置，是否平衡过，还有你的模拟时间太短了。你有多少个分子，有么有依据？

非常感谢！我就是建好模型，进行了结构优化，然后dmol进行分子动力学计算。我计算的目前是一个分子，C20H42，多个分子太卡了。您此前有做过类似的分析吗？
赞一下 回复此楼
9楼2014-01-21 18:41:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by jiafeimao236 at 2014-01-21 18:41:42
非常感谢！我就是建好模型，进行了结构优化，然后dmol进行分子动力学计算。我计算的目前是一个分子，C20H42，多个分子太卡了。您此前有做过类似的分析吗？...

单个分子需要较长的时间的，建议啊
赞一下 回复此楼
快乐吧
10楼2014-01-21 20:54:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jiafeimao236 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +3 工厂打螺丝 2026-08-08 3/150 2026-08-11 13:42 by 会议编辑
[基金申请] FileCode能看出啥？ +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +15 Lanmanbaby 2026-08-09 23/1150 2026-08-11 09:51 by demonstreets
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭