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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)

[求助] MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？

MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？我看文章中的结果都是越来越严重，键断裂的越来越多呢？？
哪里设置有问题吗？
新手，求指导！
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1楼 2014-01-19 11:18:19
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiafeimao236: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-21 17:14:31
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-01-21 18:15:56
总模拟时间太短了。
热分解是很长时间的过程，在模拟初期完全可能出现重新成键的可能，合理的办法应该是有个窗口期来判断是真正断键，还是偶尔断开。
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6楼2014-01-21 16:29:45
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiafeimao236: 金币+10 2014-01-21 18:39:23
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-22 10:05:09
之前是否测试过参数设置，是否平衡过，还有你的模拟时间太短了。你有多少个分子，有么有依据？
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快乐吧
8楼2014-01-21 18:20:45
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普通回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-20 15:00:34
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-19 21:37:53
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

我建完模，用dmol进行了优化，然后进行dynamics计算，设置参数如下：
ensemble：NVT，Temperature：900K，Time step：1fs，total simulation time：0.5ps，Thermostat：Simple NH Functional： GGA，BLYP
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3楼2014-01-19 21:59:34
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

主要是我刚接触这个软件，参数不知道什么意思。其余参数还需要特殊设置吗？真的是非常感谢您的关注。
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4楼2014-01-19 22:05:27
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

这是我其它一些参数的设置，您能帮我看下吗？
MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？
IMG_Ali_00109.jpg


MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？-1
IMG_Ali_00110.jpg
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5楼2014-01-19 22:21:57
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xujc1983 at 2014-01-21 16:29:45
总模拟时间太短了。
热分解是很长时间的过程，在模拟初期完全可能出现重新成键的可能，合理的办法应该是有个窗口期来判断是真正断键，还是偶尔断开。

非常感谢您的帮助，我做C20H42的分解，时间设置多少合适呢？
还有，我上述参数设置，还有问题吗？
您之前做过这方面的吗？判断键是否断裂的窗口在哪呢？
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7楼2014-01-21 17:17:26
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2014-01-21 18:20:45
之前是否测试过参数设置，是否平衡过，还有你的模拟时间太短了。你有多少个分子，有么有依据？

非常感谢！我就是建好模型，进行了结构优化，然后dmol进行分子动力学计算。我计算的目前是一个分子，C20H42，多个分子太卡了。您此前有做过类似的分析吗？
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9楼2014-01-21 18:41:42
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by jiafeimao236 at 2014-01-21 18:41:42
非常感谢！我就是建好模型，进行了结构优化，然后dmol进行分子动力学计算。我计算的目前是一个分子，C20H42，多个分子太卡了。您此前有做过类似的分析吗？...

单个分子需要较长的时间的，建议啊
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快乐吧
10楼2014-01-21 20:54:43
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