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jiafeimao236

银虫 (正式写手)

[求助] MS demol模拟有机物高温分解,为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合?

MS demol模拟有机物高温分解,为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合?我看文章中的结果都是越来越严重,键断裂的越来越多呢??
哪里设置有问题吗?
新手,求指导!
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiafeimao236: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-21 17:14:31
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-01-21 18:15:56
总模拟时间太短了。
热分解是很长时间的过程,在模拟初期完全可能出现重新成键的可能,合理的办法应该是有个窗口期来判断是真正断键,还是偶尔断开。
6楼2014-01-21 16:29:45
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smutao

禁虫 (著名写手)


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-20 15:00:34
本帖内容被屏蔽

2楼2014-01-19 21:37:53
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

我建完模,用dmol进行了优化,然后进行dynamics计算,设置参数如下:
ensemble:NVT,Temperature:900K,Time step:1fs,total simulation time:0.5ps,Thermostat:Simple NH Functional: GGA,BLYP
3楼2014-01-19 21:59:34
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

主要是我刚接触这个软件,参数不知道什么意思。其余参数还需要特殊设置吗?真的是非常感谢您的关注。
4楼2014-01-19 22:05:27
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