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jiafeimao236

银虫 (正式写手)

[求助] MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？

MS demol模拟有机物高温分解，为什么我模拟出的结果是化学键断裂之后然后又复合？我看文章中的结果都是越来越严重，键断裂的越来越多呢？？
哪里设置有问题吗？
新手，求指导！
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1楼 2014-01-19 11:18:19
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2014-01-21 18:20:45
之前是否测试过参数设置，是否平衡过，还有你的模拟时间太短了。你有多少个分子，有么有依据？

非常感谢！我就是建好模型，进行了结构优化，然后dmol进行分子动力学计算。我计算的目前是一个分子，C20H42，多个分子太卡了。您此前有做过类似的分析吗？
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9楼2014-01-21 18:41:42
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-20 15:00:34
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-19 21:37:53
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

我建完模，用dmol进行了优化，然后进行dynamics计算，设置参数如下：
ensemble：NVT，Temperature：900K，Time step：1fs，total simulation time：0.5ps，Thermostat：Simple NH Functional： GGA，BLYP
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3楼2014-01-19 21:59:34
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 21:37:53
楼主能不能把你做的大概过程描述一下
我猜测是因为温度控制有问题

主要是我刚接触这个软件，参数不知道什么意思。其余参数还需要特殊设置吗？真的是非常感谢您的关注。
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-19 22:05:27
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