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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求FISH实验中甲酰胺浓度和杂交温度等
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

[求助] 求FISH实验中甲酰胺浓度和杂交温度等 已有1人参与

我需要知道三个参数：杂交液中的甲酰胺浓度，杂交时的温度，洗脱时的温度。

请问这些参数是与所用的染料有关，还是与探针的序列有关。由于我看的文献中报道不够具体，请各位大牛指点一下哪里可以查到这些参数。

我用的是cy3,和FAM，也有可能用HEX标记。
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1楼 2014-01-11 14:33:52
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muji9908

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
圣迭戈: 金币+55, ★★★★★最佳答案, 太给力了，多谢多谢。 2014-01-14 09:36:20
杂交温度和甲酰温度是相关的。 他们是由你的序列决定的，我印象中和你的染料无关。
不过我见过的一般杂交温度都是46，洗脱温度都是48.可能我用的还不够多
你可以去这个网站http://mathfish.cee.wisc.edu/probeaff.html
可以计算在给定的温度下,为了达到指定的杂交效率你所需要的甲酰浓度。
你需要算两遍，一遍是你要检测的物种，另一遍是和你检测物种差一个碱基的物种。然后设定你的甲酰浓度，使你要检测物种的杂交效率尽可能高，而有一个mismatch的物种的杂交效率尽可能低。
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2楼2014-01-14 08:35:15
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