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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于水分子模型的问题
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xiaoke413

至尊木虫 (职业作家)

[求助] 关于水分子模型的问题 已有2人参与

各位虫友，小弟做了一个分子模拟体系，其中含有水分子，我用的是COMPASS力场，于是查看体系中水分子发现SPC模型，于是在写的文章上提到了SPC模型用于水分子，有个审稿人问到SPC模型精度较低，让我证明该模型在我的体系中的正确性。请问各位虫友，我该怎么去向审稿人解释啊？该如何去证明？
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1楼 2014-01-03 15:57:34
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导。 2014-01-04 10:10:46
xiaoke413: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 感谢您的建议，非常有用，谢谢！ 2014-01-04 19:03:48
这就要看你模拟的体系水分子起的作用重不重要了
我没有用过COMPASS力场，不过COMPASS号称第二代力场，有着及其复杂的势函数，号称精确度极高，而SPC只是一个非常简单的水模型，不考虑氢原子的范德华力，也不考虑OH键的振动，如果在你的体系中，水分子起的作用很重要的话，用SPC力场的确是不合理的，并且体系的精确度会下降到GROMOS，AMBER力场的程度。

当然，如果溶剂作用不重要，你就告诉审稿人不重要就行了。。。

如果很重要，建议你用其他力场重复你的部分模拟，并且与你现有的模拟结果相比较，得到相同的结果，于是就可以总结：由于SPC力场较简单，并且能得到同样精确的结果。。所以在本文中采用SPC力场。。。
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3楼2014-01-03 21:18:00
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笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导。 2014-01-04 10:10:25
xiaoke413: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 感谢你 的帮助！！ 2014-01-04 19:02:55
有几个建议：
1、查找与你体系相似并用了SPC的文献，这样就可以证明了
2、模拟结果与其他文献对比，虽然模型和力场不完全一样，但是结果得到了相似的规律，这样也可以证明
3、目测该编辑并不太懂你做的东西，没问题找问题，随便找个应付他的理由就可以或者改投，因为其他编辑可能不会问这个问题，但也可能有新的棘手问题哦
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有志者，事竟成。
2楼2014-01-03 17:09:56
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Sophiezx45

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2014-01-03 21:18:00
这就要看你模拟的体系水分子起的作用重不重要了
我没有用过COMPASS力场，不过COMPASS号称第二代力场，有着及其复杂的势函数，号称精确度极高，而SPC只是一个非常简单的水模型，不考虑氢原子的范德华力，也不考虑OH ...

请问SPC位能函数就是指SPC力场吗？
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4楼2015-04-09 09:59:37
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ocbrother

禁虫
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5楼2020-12-22 10:21:05
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