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xiaoke413

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 关于水分子模型的问题 已有2人参与

各位虫友,小弟做了一个分子模拟体系,其中含有水分子,我用的是COMPASS力场,于是查看体系中水分子发现SPC模型,于是在写的文章上提到了SPC模型用于水分子,有个审稿人问到SPC模型精度较低,让我证明该模型在我的体系中的正确性。请问各位虫友,我该怎么去向审稿人解释啊?该如何去证明?
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导。 2014-01-04 10:10:46
xiaoke413: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 感谢您的建议,非常有用,谢谢! 2014-01-04 19:03:48
这就要看你模拟的体系水分子起的作用重不重要了
我没有用过COMPASS力场,不过COMPASS号称第二代力场,有着及其复杂的势函数,号称精确度极高,而SPC只是一个非常简单的水模型,不考虑氢原子的范德华力,也不考虑OH键的振动,如果在你的体系中,水分子起的作用很重要的话,用SPC力场的确是不合理的,并且体系的精确度会下降到GROMOS,AMBER力场的程度。

当然,如果溶剂作用不重要,你就告诉审稿人不重要就行了。。。

如果很重要,建议你用其他力场重复你的部分模拟,并且与你现有的模拟结果相比较,得到相同的结果,于是就可以总结:由于SPC力场较简单,并且能得到同样精确的结果。。所以在本文中采用SPC力场。。。
3楼2014-01-03 21:18:00
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笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导。 2014-01-04 10:10:25
xiaoke413: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 感谢你 的帮助!! 2014-01-04 19:02:55
有几个建议:
1、查找与你体系相似并用了SPC的文献,这样就可以证明了
2、模拟结果与其他文献对比,虽然模型和力场不完全一样,但是结果得到了相似的规律,这样也可以证明
3、目测该编辑并不太懂你做的东西,没问题找问题,随便找个应付他的理由就可以或者改投,因为其他编辑可能不会问这个问题,但也可能有新的棘手问题哦
有志者,事竟成。
2楼2014-01-03 17:09:56
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Sophiezx45

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2014-01-03 21:18:00
这就要看你模拟的体系水分子起的作用重不重要了
我没有用过COMPASS力场,不过COMPASS号称第二代力场,有着及其复杂的势函数,号称精确度极高,而SPC只是一个非常简单的水模型,不考虑氢原子的范德华力,也不考虑OH ...

请问SPC位能函数就是指SPC力场吗?
4楼2015-04-09 09:59:37
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5楼2020-12-22 10:21:05
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