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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)

[求助] 模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why

模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，附图是参数设置。遇到的问题有：
1）当计算CH4在Ni（111）表面的吸附时，遇到一个奇怪的问题：用16核，SCF500仍不收敛，但8核反而就收敛了。优化结束，但有41个warning，其中包括：
a) BFGS: Warning - It is possible that the system may now converge to
BFGS:           a stationary point OTHER than the desired minimum.
BFGS: Hint    - this may be an indication that either:
BFGS:           a) you are using a poor guess at geom_frequency_est
BFGS:           and/or geom_modulus_est, or
BFGS:           b) you are using unrealistic convergence criteria.
BFGS:           Suggest therefore that you consider changing them!
b) Warning - trial step suggests complex energy landscape
                 in which simple line minimization will fail.
  
               - This is usually an indication that the forces/streses
                 are not accurate enough. Consider making the following changes:
  
                 1) Increase cutoff_energy or basis_precision
                 2) Reduce elec_energy_tol and/or elec_force_tol
                 3) Increase grid_scale
                 4) Increase fine_grid_scale
  
               - Proceeding with a bisection search to find root instead.等，
2）CH3在Ni（111）表面的吸附时，8核，SCF500却也不收敛了，出现的错误和上述一致
望大神能够相助
模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why
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模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why-1
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模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why-2
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模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why-3
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模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why-4
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模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why-5
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模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why-6
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1楼 2014-01-02 11:28:35
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
warning中指的是你的计算精度太低了，这个我感觉貌似不是什么大问题。
另外精度medium的时候默认的k-point就是5x5x1，我估计你的表面有可能太小了，造成的结果就是吸附的“分子”自己和自己产生排斥（PBC引起的）。

目前只能看出这些信息，具体的最好把输出信息发来看看。你模仿的是？创腾的教程？
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-01-02 18:11:43
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-01-02 18:11:43
warning中指的是你的计算精度太低了，这个我感觉貌似不是什么大问题。
另外精度medium的时候默认的k-point就是5x5x1，我估计你的表面有可能太小了，造成的结果就是吸附的“分子”自己和自己产生排斥（PBC引起的）。 ...

谢谢回复，PBC指？超胞是P（2x2),参数结构完全根据一篇博士论文走的
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BestWishes
3楼2014-01-02 18:17:09
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2014-01-02 18:54:28
引用回帖:
3楼: Originally posted by fanhongxiang at 2014-01-02 18:17:09
谢谢回复，PBC指？超胞是P（2x2),参数结构完全根据一篇博士论文走的...

周期边界条件，period boundary condition。
你上文中16核心的不收敛指的是迭代过程的不收敛还是几何优化的不收敛？
8核心给出的warning信息
已经说明几何优化没收敛，我怀疑有些怀疑模型本身的建立。
不妨把详细信息贴出来看看，包括截图。
smearing要是为0.1eV就非常不合理了。

在此之前，16核心的服务器完全能够处理到fine精度，并且可以考虑把表面大小扩大至3x3。（估计收敛测试可以达到0.02eV/eV.atom）。表面模拟一般来说都会有复杂的测试过程，有些是确定边界条件，有些是确定积分上限。详细信息倒是可以参阅第一性原理版块的一些内容，测试问题一向是争论的point。
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4楼2014-01-02 18:28:20
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-01-02 18:28:20
周期边界条件，period boundary condition。
你上文中16核心的不收敛指的是迭代过程的不收敛还是几何优化的不收敛？
8核心给出的warning信息
已经说明几何优化没收敛，我怀疑有些怀疑模型本身的建立。
不妨把详 ...

16核不收敛是支SCF；是贴模型的的图片吗？
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5楼2014-01-02 20:18:22
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by fanhongxiang at 2014-01-02 20:18:22
16核不收敛是支SCF；是贴模型的的图片吗？...

对，图片，优化结构前后的我都看看吧。有的时候确实收敛与否和核心数有关，这个影响到小数点计算的误差（可能不是最严重），初始系数其实也略有不同，这些可以通过减小charge mix来调整到收敛。我倒是觉得8核心的计算结果几何优化根本就没办法收敛，这个参考的文章不知道做没做一些相关的测试。。
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6楼2014-01-02 20:21:52
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-01-02 20:21:52
对，图片，优化结构前后的我都看看吧。有的时候确实收敛与否和核心数有关，这个影响到小数点计算的误差（可能不是最严重），初始系数其实也略有不同，这些可以通过减小charge mix来调整到收敛。我倒是觉得8核心的计 ...

我用的是Castep软件，怎么调整charge mix啊？
模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why-7
优化前.jpg


模仿文献，CHx在Ni（111）表面的吸附，参数完全一致，但计算却总出错，why-8
优化后.jpg
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7楼2014-01-02 21:04:47
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
7楼: Originally posted by fanhongxiang at 2014-01-02 21:04:47
我用的是Castep软件，怎么调整charge mix啊？

优化前.jpg

优化后.jpg
...

很简单，你把当前模型建立成超晶胞，只要比较临近甲烷同一个氢的距离就知道问题在哪了。
charge mix是在electronic-more-scf-density mixing的charge里面调。

模型问题就多，除了间距问题，金属层数略薄。
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8楼2014-01-02 22:07:58
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-01-02 22:07:58
很简单，你把当前模型建立成超晶胞，只要比较临近甲烷同一个氢的距离就知道问题在哪了。
charge mix是在electronic-more-scf-density mixing的charge里面调。

模型问题就多，除了间距问题，金属层数略薄。...

不知方不方便加您的QQ呐？如果方便的话，我们Q聊，我的是815414440
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9楼2014-01-03 09:33:08
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