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汕头大学海洋科学接受调剂
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)

[求助] 模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,why

模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,附图是参数设置。遇到的问题有:
1)当计算CH4在Ni(111)表面的吸附时,遇到一个奇怪的问题:用16核,SCF500仍不收敛,但8核反而就收敛了。优化结束,但有41个warning,其中包括:
a) BFGS: Warning - It is possible that the system may now converge to
BFGS:           a stationary point OTHER than the desired minimum.
BFGS: Hint    - this may be an indication that either:
BFGS:           a) you are using a poor guess at geom_frequency_est
BFGS:           and/or geom_modulus_est, or
BFGS:           b) you are using unrealistic convergence criteria.
BFGS:           Suggest therefore that you consider changing them!
b) Warning - trial step suggests complex energy landscape
                 in which simple line minimization will fail.
  
               - This is usually an indication that the forces/streses
                 are not accurate enough. Consider making the following changes:
  
                 1) Increase cutoff_energy or basis_precision
                 2) Reduce elec_energy_tol and/or elec_force_tol
                 3) Increase grid_scale
                 4) Increase fine_grid_scale
  
               - Proceeding with a bisection search to find root instead.等,
2)CH3在Ni(111)表面的吸附时,8核,SCF500却也不收敛了,出现的错误和上述一致
望大神能够相助
模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,why
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模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,why-1
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模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,why-2
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模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,why-4
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模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,why-5
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模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,why-6
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

warning中指的是你的计算精度太低了,这个我感觉貌似不是什么大问题。
另外精度medium的时候默认的k-point就是5x5x1,我估计你的表面有可能太小了,造成的结果就是吸附的“分子”自己和自己产生排斥(PBC引起的)。

目前只能看出这些信息,具体的最好把输出信息发来看看。你模仿的是?创腾的教程?
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-01-02 18:11:43
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-01-02 18:11:43
warning中指的是你的计算精度太低了,这个我感觉貌似不是什么大问题。
另外精度medium的时候默认的k-point就是5x5x1,我估计你的表面有可能太小了,造成的结果就是吸附的“分子”自己和自己产生排斥(PBC引起的)。 ...

谢谢回复,PBC指?超胞是P(2x2),参数结构完全根据一篇博士论文走的
BestWishes
3楼2014-01-02 18:17:09
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2014-01-02 18:54:28
引用回帖:
3楼: Originally posted by fanhongxiang at 2014-01-02 18:17:09
谢谢回复,PBC指?超胞是P(2x2),参数结构完全根据一篇博士论文走的...

周期边界条件,period boundary condition。
你上文中16核心的不收敛指的是迭代过程的不收敛还是几何优化的不收敛?
8核心给出的warning信息
已经说明几何优化没收敛,我怀疑有些怀疑模型本身的建立。
不妨把详细信息贴出来看看,包括截图。
smearing要是为0.1eV就非常不合理了。

在此之前,16核心的服务器完全能够处理到fine精度,并且可以考虑把表面大小扩大至3x3。(估计收敛测试可以达到0.02eV/eV.atom)。表面模拟一般来说都会有复杂的测试过程,有些是确定边界条件,有些是确定积分上限。详细信息倒是可以参阅第一性原理版块的一些内容,测试问题一向是争论的point。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
4楼2014-01-02 18:28:20
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-01-02 18:28:20
周期边界条件,period boundary condition。
你上文中16核心的不收敛指的是迭代过程的不收敛还是几何优化的不收敛?
8核心给出的warning信息
已经说明几何优化没收敛,我怀疑有些怀疑模型本身的建立。
不妨把详 ...

16核不收敛是支SCF;是贴模型的的图片吗?
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5楼2014-01-02 20:18:22
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
5楼: Originally posted by fanhongxiang at 2014-01-02 20:18:22
16核不收敛是支SCF;是贴模型的的图片吗?...

对,图片,优化结构前后的我都看看吧。有的时候确实收敛与否和核心数有关,这个影响到小数点计算的误差(可能不是最严重),初始系数其实也略有不同,这些可以通过减小charge mix来调整到收敛。我倒是觉得8核心的计算结果几何优化根本就没办法收敛,这个参考的文章不知道做没做一些相关的测试。。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
6楼2014-01-02 20:21:52
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-01-02 20:21:52
对,图片,优化结构前后的我都看看吧。有的时候确实收敛与否和核心数有关,这个影响到小数点计算的误差(可能不是最严重),初始系数其实也略有不同,这些可以通过减小charge mix来调整到收敛。我倒是觉得8核心的计 ...

我用的是Castep软件,怎么调整charge mix啊?
模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,why-7
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模仿文献,CHx在Ni(111)表面的吸附,参数完全一致,但计算却总出错,why-8
优化后.jpg

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7楼2014-01-02 21:04:47
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
7楼: Originally posted by fanhongxiang at 2014-01-02 21:04:47
我用的是Castep软件,怎么调整charge mix啊?

优化前.jpg

优化后.jpg
...

很简单,你把当前模型建立成超晶胞,只要比较临近甲烷同一个氢的距离就知道问题在哪了。
charge mix是在electronic-more-scf-density mixing的charge里面调。

模型问题就多,除了间距问题,金属层数略薄。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
8楼2014-01-02 22:07:58
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-01-02 22:07:58
很简单,你把当前模型建立成超晶胞,只要比较临近甲烷同一个氢的距离就知道问题在哪了。
charge mix是在electronic-more-scf-density mixing的charge里面调。

模型问题就多,除了间距问题,金属层数略薄。...

不知方不方便加您的QQ呐?如果方便的话,我们Q聊,我的是815414440
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9楼2014-01-03 09:33:08
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