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漠梓

金虫 (小有名气)

[求助] 本人的CIF check出来很多问题,求大神庇佑已有1人参与

小弟最近在投一篇文章,编辑要求看晶体的checkcif文件,小弟在checkcif网站上检查了一下发现以下错误
Alert level A
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H1B    ..  H2A     ..       1.48 Ang.  
And 2 other PLAT417 Alerts
Less ...
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H2B    ..  H5A     ..       1.38 Ang.  
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H3C    ..  H4B     ..       1.09 Ang.  

PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .        350 Ang3  
Alert level B
CHEMW01_ALERT_1_B  The ratio of given/expected molecular weight as calculated
            from the _chemical_formula_sum lies outside
            the range 0.95 <> 1.05
            Calculated formula weight =   527.4510
            Formula weight given      =   498.4100
PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D       H2B    ..  H5C     ..       2.04 Ang.  
小弟晶体精修只是几乎为零,不知类似错误该如何解决,求大神们不吝赐教
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546672286

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
漠梓(lijunjie84代发): 金币+2, 感谢参与! 2014-01-12 15:29:21
lijunjie84: 回帖置顶 2014-01-12 15:29:23
引用回帖:
5楼: Originally posted by 漠梓 at 2013-12-25 19:52:33
亲,您能帮我弄弄么 我把cif给你,...

platon 做squeeze后,要把 sqz文件的loop_
_platon_squeeze_void_nr
_platon_squeeze_void_average_x
_platon_squeeze_void_average_y
_platon_squeeze_void_average_z
_platon_squeeze_void_volume
_platon_squeeze_void_count_electrons
_platon_squeeze_void_content
1 -0.107 0.500 0.569 1136 334 ' '
_platon_squeeze_details
贴到这段下面即可 不要空行,不要留空格,以“;”标号结尾
_refine_special_details
;
Refinement of F^2^ against ALL reflections. The weighted R-factor wR and
goodness of fit S are based on F^2^, conventional R-factors R are based
on F, with F set to zero for negative F^2^. The threshold expression of
F^2^ > 2sigma(F^2^) is used only for calculating R-factors(gt) etc. and is
not relevant to the choice of reflections for refinement. R-factors based
on F^2^ are statistically about twice as large as those based on F, and R-
factors based on ALL data will be even larger.
6楼2013-12-26 19:43:41
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546672286

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
417 是由于氢的取向有问题
601 意思是你的结构中可能还有未解完全的组分,如溶剂,这个需要再解解。

建议等你把601处理完再处理别的错误吧
2楼2013-12-25 16:44:36
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546672286

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 漠梓 at 2013-12-25 16:57:22
这个是我们实验室往年发表过的晶体,现在没法再解了,我是根据CCDC号,从CCDC上下载下来的,没想到这么多AB类错误...

那601错误就的用platon把空间挤掉
4楼2013-12-25 19:39:54
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普通回帖

漠梓

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 546672286 at 2013-12-25 16:44:36
417 是由于氢的取向有问题
601 意思是你的结构中可能还有未解完全的组分,如溶剂,这个需要再解解。

建议等你把601处理完再处理别的错误吧

这个是我们实验室往年发表过的晶体,现在没法再解了,我是根据CCDC号,从CCDC上下载下来的,没想到这么多AB类错误
3楼2013-12-25 16:57:22
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漠梓

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 546672286 at 2013-12-25 19:39:54
那601错误就的用platon把空间挤掉...

亲,您能帮我弄弄么 我把cif给你,
5楼2013-12-25 19:52:33
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546672286

金虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 漠梓 at 2013-12-25 19:52:33
亲,您能帮我弄弄么 我把cif给你,...

朋友按照这个弄就好了
7楼2013-12-26 19:44:02
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漠梓

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 546672286 at 2013-12-26 19:44:02
朋友按照这个弄就好了...

大神 帮个忙吧,我木有你说的那个platon软件啊,我也不会那个操作,帮个忙吧
8楼2013-12-30 09:29:59
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546672286

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 漠梓 at 2013-12-30 09:29:59
大神 帮个忙吧,我木有你说的那个platon软件啊,我也不会那个操作,帮个忙吧...

最近比较忙,发过来我试试
9楼2013-12-30 11:34:49
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漠梓

金虫 (小有名气)

内容已删除
10楼2013-12-30 14:21:49
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