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肖thest

木虫 (小有名气)

神级

[求助] 求助引物设计:前前后后三次都有问题,请大神帮帮忙…………感激不尽 已有2人参与

共1067bp, 粗线是我需要看的基因区域,想设计一对引物,普通PCR后测序(单向测,所以上游或者下游引物离目标区域起码60bp),用primer或者NCBI primer blast设计了三次,每次引物特异性较差或者退火温度摸不出来。
下面是我的序列:
TGAGACTTTT CCGTTGCCGC TGGGAGCCGG AGGCGCGGGG ACCTCTTGGC GCGACGCTGC
CCCGCGAGGA GGCAGGACTT GGGGACCCCA GACCGCCTCC CTTTGCCGCC GGGGACGCTT
GCTCCCTCCC TGCCCCCTAC ACGGCGTCCC TCAGGCGCCC CCATTCCGGA CCAGCCCTCG
GGAGTCGCCG ACCCGGCCTC CCGCAAAGAC TTTTCCCCAG ACCTCGGGCG CACCCCCTGC
ACGCCGCCTT CATCCCCGGC CTGTCTCCTG AGCCCCCGCG CATCCTAGAC CCTTTCTCCT
CCAGGAGACG GATCTCTCTC CGACCTGCCA CAGATCCCCT ATTCAAGACC ACCCACCTTC
TGGTACCAGA TCGCGCCCAT CTAGGTTATT TCCGTGGGAT ACTGAGACAC CCCCGGTCCA
AGCCTCCCCT CCACCACTGC GCCCTTCTCC CTGAGGACCT CAGCTTTCCC TCGAGGCCCT
CCTACCTTTT GCCGGGAGAC CCCCAGCCCC TGCAGGGGCG GGGCCTCCCC ACCACACCAG
CCCTGTTCGC GCTCTCGGCA GTGCCGGGGG GCGCCGCCTC CCCCATGCCG CCCTCCGGgc
tgcggctgct gcCgctgctgcta ccgctgctgt ggctactggt gctgACGCCT GGCCGGCCGG CCGCGGGACT
ATCCACCTGC AAGACTATCG ACATGGAGCT GGTGAAGCGG AAGCGCATCG AGGCCATCCG
CGGCCAGATC CTGTCCAAGC TGCGGCTCGC CAGCCCCCCG AGCCAGGGGG AGGTGCCGCC
CGGCCCGCTG CCCGAGGCCG TGCTCGCCCT GTACAACAGC ACCCGCGACC GGGTGGCCGG
GGAGAGTGCA GAACCGGAGC CCGAGCCTGA GGCCGACTAC TACGCCAAGG AGGTCACCCG
CGTGCTAATG GTGGAAACCC ACAACGGTGA GCTCGGAGGG GCAGGGGAGC CGGGAGGGGG
GCCCCCAGGG GGCGCCGGAG TGCCGGGGCC ACGGGTAGGA AGTGACTGGC AGAAGAAACT
GGCTGGAGGA AGAGGACACC CCGGGGCAAA GGGA

[ Last edited by 肖thest on 2013-12-22 at 13:43 ]
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thest
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woshishui916

木虫 (著名写手)

引用回帖:
25楼: Originally posted by 肖thest at 2013-12-22 20:47:34
那我就先用我的引物按照您站内的步骤试试吧?...

可以,如果还出不来,你给我消息就好了
这个片段要扩增多少个sample?
26楼2013-12-22 20:59:44
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woshishui916

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
肖thest: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 很感激,很nice的人 2013-12-22 23:13:55
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-01-27 20:45:26
上游:AAGCCTCCCCTCCACCACTG
下游:CCGCAGCTTGGACAGGATCT
肯定能出来
出不来你再联系我

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-12-22 18:35:26
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肖thest

木虫 (小有名气)

神级

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by woshishui916 at 2013-12-22 18:35:26
上游:AAGCCTCCCCTCCACCACTG
下游:CCGCAGCTTGGACAGGATCT
肯定能出来
出不来你再联系我

回复,很感谢,但是我看了您设计的结果,因为粗线是我要看的目标区域,可您设计的好像是338bp,我的目标区域没有包括全哦。还是很谢谢
thest
3楼2013-12-22 19:48:34
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肖thest

木虫 (小有名气)

神级

引用回帖:
3楼: Originally posted by 肖thest at 2013-12-22 19:48:34
回复,很感谢,但是我看了您设计的结果,因为粗线是我要看的目标区域,可您设计的好像是338bp,我的目标区域没有包括全哦。还是很谢谢...

我在分析下,好像看错了。呜呜,我blast下
thest
4楼2013-12-22 19:52:31
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