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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子动力学模拟的升温跑4PS这样可以么？平衡步骤有大概要跑多久呢？
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=神神=

银虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学模拟的升温跑4PS这样可以么？平衡步骤有大概要跑多久呢？ 已有3人参与

新手第一次用DS模拟，是分布跑的。
目标温度是300K.
不会截图啊啊啊啊。
温度曲线是在3.5PS左右达到300K，能量曲线也是同一时间呈直线状。
这样4Ps的时间会够不？
在之后的平衡一般要跑多久？能量稳定在多少波动算平衡？
好着急啊。
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1楼 2013-12-21 15:39:09
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=神神=

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-12-23 16:21:44
一般来讲
1、对于平衡过程，如果你不设定 SHAKE constraint 为 true 的话，默认步长应该是0.001 ps 这样4 ps 就是4000 steps ，至于DS 4.0 时间的设定，根据体系来看，一般 3-5 ps 就够了吧，主要是平衡升温过程带 ...

明白了，谢谢
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8楼2013-12-24 14:30:55
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iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-22 12:18:32
=神神=: 金币+15, ★★★很有帮助, 万分感谢 2013-12-24 14:31:41
首先 你模拟的是什么体系

升温的话温度达到指定温度就可以 可看时间对温度曲线

平衡的话，要能量散开，可以看时间对能量曲线，当线均一变化时候，说明平衡了。
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2楼2013-12-21 18:46:05
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=神神=

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iovvoi at 2013-12-21 18:46:05
首先 你模拟的是什么体系

升温的话温度达到指定温度就可以 可看时间对温度曲线

平衡的话，要能量散开，可以看时间对能量曲线，当线均一变化时候，说明平衡了。

体系。。。是个蛋白质受体结构，CHARMm力场，周期性边界条件，显式溶剂模型。
谢谢你的回答~明白了那么一点。
赞一下 回复此楼
3楼2013-12-22 13:57:21
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voleyes

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-23 08:44:48
=神神=(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:07:29
你的时间步长多少啊，4ps太短点了吧
赞一下 回复此楼
4楼2013-12-22 18:41:45
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