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=神神=

银虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学模拟的升温跑4PS这样可以么?平衡步骤有大概要跑多久呢? 已有3人参与

新手第一次用DS模拟,是分布跑的。
目标温度是300K.
不会截图啊啊啊啊。
温度曲线是在3.5PS左右达到300K,能量曲线也是同一时间呈直线状。
这样4Ps的时间会够不?
在之后的平衡一般要跑多久?能量稳定在多少波动算平衡?
好着急啊。
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=神神=

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-12-23 16:21:44
一般来讲
1、对于平衡过程,如果你不设定 SHAKE constraint 为 true 的话,默认步长应该是0.001 ps 这样4 ps 就是4000 steps ,至于DS 4.0 时间的设定,根据体系来看,一般 3-5 ps 就够了吧,主要是平衡升温过程带 ...

明白了,谢谢
8楼2013-12-24 14:30:55
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查看全部 8 个回答

iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-12-22 12:18:32
=神神=: 金币+15, ★★★很有帮助, 万分感谢 2013-12-24 14:31:41
首先 你模拟的是什么体系

升温的话温度达到指定温度就可以 可看时间对温度曲线

平衡的话,要能量散开,可以看时间对能量曲线,当线均一变化时候,说明平衡了。
2楼2013-12-21 18:46:05
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=神神=

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by iovvoi at 2013-12-21 18:46:05
首先 你模拟的是什么体系

升温的话温度达到指定温度就可以 可看时间对温度曲线

平衡的话,要能量散开,可以看时间对能量曲线,当线均一变化时候,说明平衡了。

体系。。。是个蛋白质受体结构,CHARMm力场,周期性边界条件,显式溶剂模型。
谢谢你的回答~明白了那么一点。
3楼2013-12-22 13:57:21
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voleyes

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-23 08:44:48
=神神=(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流! 2014-05-31 21:07:29
你的时间步长多少啊,4ps太短点了吧
4楼2013-12-22 18:41:45
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