24小时热门版块排行榜    

查看: 2595  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

=神神=

银虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学模拟的升温跑4PS这样可以么?平衡步骤有大概要跑多久呢? 已有3人参与

新手第一次用DS模拟,是分布跑的。
目标温度是300K.
不会截图啊啊啊啊。
温度曲线是在3.5PS左右达到300K,能量曲线也是同一时间呈直线状。
这样4Ps的时间会够不?
在之后的平衡一般要跑多久?能量稳定在多少波动算平衡?
好着急啊。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

=神神=

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-12-23 16:21:44
一般来讲
1、对于平衡过程,如果你不设定 SHAKE constraint 为 true 的话,默认步长应该是0.001 ps 这样4 ps 就是4000 steps ,至于DS 4.0 时间的设定,根据体系来看,一般 3-5 ps 就够了吧,主要是平衡升温过程带 ...

明白了,谢谢
8楼2013-12-24 14:30:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-12-22 12:18:32
=神神=: 金币+15, ★★★很有帮助, 万分感谢 2013-12-24 14:31:41
首先 你模拟的是什么体系

升温的话温度达到指定温度就可以 可看时间对温度曲线

平衡的话,要能量散开,可以看时间对能量曲线,当线均一变化时候,说明平衡了。
2楼2013-12-21 18:46:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

=神神=

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by iovvoi at 2013-12-21 18:46:05
首先 你模拟的是什么体系

升温的话温度达到指定温度就可以 可看时间对温度曲线

平衡的话,要能量散开,可以看时间对能量曲线,当线均一变化时候,说明平衡了。

体系。。。是个蛋白质受体结构,CHARMm力场,周期性边界条件,显式溶剂模型。
谢谢你的回答~明白了那么一点。
3楼2013-12-22 13:57:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

voleyes

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-23 08:44:48
=神神=(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流! 2014-05-31 21:07:29
你的时间步长多少啊,4ps太短点了吧
4楼2013-12-22 18:41:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 让我中一个面上吧! +8 大萍1987 2026-08-20 10/500 2026-08-20 21:48 by 大萍1987
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
信息提示
请填处理意见