| 查看: 2254 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
分子动力学模拟的升温跑4PS这样可以么？平衡步骤有大概要跑多久呢？ 已有3人参与
|
|||
|
新手第一次用DS模拟，是分布跑的。 目标温度是300K. 不会截图啊啊啊啊。 温度曲线是在3.5PS左右达到300K，能量曲线也是同一时间呈直线状。 这样4Ps的时间会够不？ 在之后的平衡一般要跑多久？能量稳定在多少波动算平衡？  好着急啊。 |
回复此楼» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有27人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有3人回复
-
所感
已经有3人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
不自信的我
已经有11人回复
-
北核录用
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有3人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有8人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有10人回复
-
26申博（荧光探针方向，有机合成）
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NAMD分子体系平衡和分子动力学模拟
已经有10人回复
- 【求助】用DL_POLY2.0跑完动力学以后，怎么看体系的势能是否达到平衡？
已经有7人回复
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
=神神=: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-24 14:31:10
感谢参与，应助指数 +1
=神神=: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-24 14:31:10
|
一般来讲 1、对于平衡过程，如果你不设定 SHAKE constraint 为 true 的话，默认步长应该是0.001 ps 这样4 ps 就是4000 steps ，至于DS 4.0 时间的设定，根据体系来看，一般 3-5 ps 就够了吧，主要是平衡升温过程带来的不合理结构，不需要很久~ 2、对于升温过程，这个时间长点会好些，但也不必要太长只需要保证升温速度不超过 100K/ps 就可以了，其实这些都没有一定的值，别太离谱就行- -！~ 3、对于收敛条件，能量波动到多少就可以进行下一步，额这个不需要彻底平衡吧，反正在DS 2.5 中没看到这个参数，没有严格要求应该，而且你开始采样正式跑动力学的时候自动会趋于平衡~ |
7楼2013-12-23 16:21:44
iovvoi
金虫 (小有名气)
- 应助: 28 (小学生)
- 金币: 1312.4
- 散金: 4
- 红花: 2
- 帖子: 158
- 在线: 88.9小时
- 虫号: 1454080
- 注册: 2011-10-21
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2013-12-21 18:46:05
谢谢你的回答~明白了那么一点。 3楼2013-12-22 13:57:21
voleyes
银虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 32.3
- 散金: 6
- 帖子: 469
- 在线: 295.2小时
- 虫号: 947110
- 注册: 2010-01-23
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-12-22 18:41:45