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分子动力学模拟的升温跑4PS这样可以么？平衡步骤有大概要跑多久呢？ 已有3人参与
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新手第一次用DS模拟，是分布跑的。 目标温度是300K. 不会截图啊啊啊啊。 温度曲线是在3.5PS左右达到300K，能量曲线也是同一时间呈直线状。 这样4Ps的时间会够不？ 在之后的平衡一般要跑多久？能量稳定在多少波动算平衡？  好着急啊。 |
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monsoncupid
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
=神神=: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-24 14:31:10
感谢参与，应助指数 +1
=神神=: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-24 14:31:10
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一般来讲 1、对于平衡过程，如果你不设定 SHAKE constraint 为 true 的话，默认步长应该是0.001 ps 这样4 ps 就是4000 steps ，至于DS 4.0 时间的设定，根据体系来看，一般 3-5 ps 就够了吧，主要是平衡升温过程带来的不合理结构，不需要很久~ 2、对于升温过程，这个时间长点会好些，但也不必要太长只需要保证升温速度不超过 100K/ps 就可以了，其实这些都没有一定的值，别太离谱就行- -！~ 3、对于收敛条件，能量波动到多少就可以进行下一步，额这个不需要彻底平衡吧，反正在DS 2.5 中没看到这个参数，没有严格要求应该，而且你开始采样正式跑动力学的时候自动会趋于平衡~ |
7楼2013-12-23 16:21:44
iovvoi
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2楼2013-12-21 18:46:05
谢谢你的回答~明白了那么一点。 3楼2013-12-22 13:57:21
voleyes
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4楼2013-12-22 18:41:45
10