应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子动力学模拟的升温跑4PS这样可以么？平衡步骤有大概要跑多久呢？
51/1返回列表
查看: 2320  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

=神神=

银虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学模拟的升温跑4PS这样可以么？平衡步骤有大概要跑多久呢？ 已有3人参与

新手第一次用DS模拟，是分布跑的。
目标温度是300K.
不会截图啊啊啊啊。
温度曲线是在3.5PS左右达到300K，能量曲线也是同一时间呈直线状。
这样4Ps的时间会够不？
在之后的平衡一般要跑多久？能量稳定在多少波动算平衡？
好着急啊。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-12-21 15:39:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

voleyes

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-23 08:44:48
=神神=(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:07:29
你的时间步长多少啊，4ps太短点了吧
赞一下 回复此楼
4楼2013-12-22 18:41:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-22 12:18:32
=神神=: 金币+15, ★★★很有帮助, 万分感谢 2013-12-24 14:31:41
首先 你模拟的是什么体系

升温的话温度达到指定温度就可以 可看时间对温度曲线

平衡的话，要能量散开，可以看时间对能量曲线，当线均一变化时候，说明平衡了。
赞一下 回复此楼
2楼2013-12-21 18:46:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

=神神=

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iovvoi at 2013-12-21 18:46:05
首先 你模拟的是什么体系

升温的话温度达到指定温度就可以 可看时间对温度曲线

平衡的话，要能量散开，可以看时间对能量曲线，当线均一变化时候，说明平衡了。

体系。。。是个蛋白质受体结构，CHARMm力场，周期性边界条件，显式溶剂模型。
谢谢你的回答~明白了那么一点。
赞一下 回复此楼
3楼2013-12-22 13:57:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

=神神=

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by voleyes at 2013-12-22 18:41:45
你的时间步长多少啊，4ps太短点了吧

时间步长是2fs，新的DS4.0的设置好像不太一样，原来是设置总步数，现在变成设置模拟时间。这个要怎么换？
赞一下 回复此楼
5楼2013-12-23 12:07:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085601求调剂 +3 Du.11 2026-03-16 3/150 2026-03-16 20:42 by 无际的草原
[考研] 312求调剂 +3 陌宸希 2026-03-16 4/200 2026-03-16 15:06 by peike
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 290求调剂 +5 孔志浩 2026-03-12 10/500 2026-03-16 09:01 by 余晖&
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +8 zchqwer 2026-03-10 8/400 2026-03-14 00:01 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕288分求调剂 一志愿211 +4 在家想你 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +6 柴郡猫_ 2026-03-12 6/300 2026-03-13 20:46 by hmn_wj
[考研] 301求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-11 6/300 2026-03-13 20:11 by JourneyLucky
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂！ +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭