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vividhu

木虫 (正式写手)

[求助] diamond画图求助-黑白横纹椭球图已有4人参与

本人新手一枚，晶体已经解析完了，最近在画图及相关具体数据的分析，其中有几个问题，麻烦大家帮忙看下。
1、我想得到如图1的黑白的横纹椭球图，但是我自己用diamond作图只能得到如图2的彩色的，而且椭球的剖面部分也不是横纹的那种，不知道这个怎么设置啊，求帮助啊。
diamond画图求助-黑白横纹椭球图
图1
diamond画图求助-黑白横纹椭球图-1

图2
2、关于分子内氢键和分子间氢键的，以下是我用planton计算得到的共11个氢键，这些氢键都对吗，都需要找出来吗？
Nr Typ Res Donor-- H....Acceptor [ ARU  ]      D - H      H...A      D...A          D - H...A    A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ)  Sum(XZ)
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
1 Intra 2 N(1)  --H(1)   ..O(3)  [             ]    0.89(3)    2.06(3)   2.778(3)     138(2)
2       2 N(1)  --H(1)   ..O(6)   [  2666.01]    0.89(3)    2.50(3)   3.233(3)     141(2)'  80.3(11)'              359(3)
3       2 N(2)  --H(2)   ..O(6)   [  1565.01]    0.88(3)    2.25(3)   3.088(3)     158(3)
4 Intra 1 N(3)  --H(3)   ..O(6) [               ]    0.89(2)    2.16(2)   2.825(3)    131.3(18)
5       1 N(3)  --H(3)   ..O(3)   [  2666.02]    0.89(2)    2.33(2)   3.110(3)    146.4(19)'   82.3(8)'              360(3)
6       1 N(4)  --H(4)   ..O(6)   [  2756.01]    0.92(2)    2.29(2)   3.188(3)    165.8(18)

7 Intra 2 C(6)  --H(6B)  ..O(2)   [            ]       0.96       2.43   3.015(4)        119
8 Intra 2 C(6)  --H(6C)  ..N(2)   [            ]       0.96       2.42   2.790(4)        102
9       2 C(11) --H(11)  ..O(2)   [  1556.02]       0.93       2.55   3.476(4)        171
10 Intra 1 C(18) --H(18A) ..N(4)   [          ]       0.96       2.31   2.768(3)        108
11 Intra 1 C(18) --H(18B) ..O(5)   [          ]       0.96       2.59   2.997(4)        106  

Translation of ARU-Code to CIF and Equivalent Position Code
===========================================================
   [  2666.] = [  2_666] =1-x,1-y,1-z
   [  2756.] = [  2_756] =2-x,-y,1-z
   [  1565.] = [  1_565] =x,1+y,z
   [  1556.] = [  1_556] =x,y,1+z

[ Last edited by vividhu on 2013-12-18 at 10:01 ]
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“人定胜天”，这个“定”不是“一定”的“定”，而是“镇定”的“定”，人要是镇定下来，是能够应付各种各样的灾难。
1楼2013-12-18 10:00:08
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307609684

金虫 (正式写手)
diamond 可以做出此图，关键要调好透明度，border和inner都要设成黑色
weight都设成0.3就差不多，设成0.5的话线就太黑了。自己试试吧。（style 要用椭圆，不要用八分之一椭圆）
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一品香
11楼2013-12-20 10:55:48
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普通回帖

forever1706

禁虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vividhu: 金币+3, ★有帮助, shelxtl是指用xp画的吗？可是xp好像不能画出其中的分子内氢键啊。 2013-12-18 14:21:22
目测图1是shelxtl画的，如果非要这个样子的图，建议用shelxtl。用Diamond的选项更丰富，非要改成这个样子也得折腾一阵，还不一定完全一样。picture--atom design,  改原子；picture--bond design，改键；picture--layout，改背景。。。多试试就知道了。

氢键1-6是NH-O氢键，属经典氢键。是否合理得看结构解析是否正确合理。

其余是非经典氢键，比较弱，不知道你是否要讨论，如果不是要讨论的对象，直接忽略吧。
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2楼2013-12-18 10:35:34
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vividhu

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by forever1706 at 2013-12-18 10:35:34
目测图1是shelxtl画的，如果非要这个样子的图，建议用shelxtl。用Diamond的选项更丰富，非要改成这个样子也得折腾一阵，还不一定完全一样。picture--atom design,  改原子；picture--bond design，改键；picture--l ...

非经典氢键讨论的应该不是很多，不过作为一个存在的数据还是需要摆到文章里的，书上说这种CH-N/O键应该在3.2-4.0A，根绝这样的话，是不是7、8、10、11氢键都要删除呢？
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“人定胜天”，这个“定”不是“一定”的“定”，而是“镇定”的“定”，人要是镇定下来，是能够应付各种各样的灾难。
3楼2013-12-18 14:24:21
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Nocturne

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
vividhu: 金币+1, ★有帮助, 试了一下，好像效果差一些啊，不过还是很感谢 2013-12-18 21:45:47
用Mercury画不就得了，还简单，有机分子最好用Mercury
把style：Ellipsiod，
Manage styles: ORTEP
很简单
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4楼2013-12-18 19:43:25
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wbulu

至尊木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
vividhu: 金币+1, ★有帮助, 椭球图已经用shelxtl画出来了，谢谢，目前只找到diamond3,很多diamond是demonstration，都没法正常保存成可编辑的diamond文件。 2013-12-21 21:31:05
上面那个椭球图要么用shelxtl画，但是很多人都已经不会了，主要是太久不用，忘记了，另外可以用diamond2画出这种效果。3没试过，好像不行。
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5楼2013-12-18 23:48:46
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forever1706

禁虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
vividhu: 金币+1, ★有帮助 2013-12-21 21:38:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by vividhu at 2013-12-18 14:24:21
非经典氢键讨论的应该不是很多，不过作为一个存在的数据还是需要摆到文章里的，书上说这种CH-N/O键应该在3.2-4.0A，根绝这样的话，是不是7、8、10、11氢键都要删除呢？...

看你文章的内容吧，如果实在需要这点东西填充内容，那就放上吧。我基本上不建议放跟你的主题不相关，也不重要的信息。
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6楼2013-12-19 03:34:33
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brillianta

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Nocturne at 2013-12-18 19:43:25
用Mercury画不就得了，还简单，有机分子最好用Mercury
把style：Ellipsiod，
Manage styles: ORTEP
很简单

我以前发现过这个功能，但是貌似像素不高。。。不是很清晰
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7楼2013-12-19 08:51:21
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
vividhu: 金币+1, ★有帮助, 谢谢，最后用shelxtl画出来了，本来要下载网上的ortep的软件，我在一个高校的网址上转了好几圈，愣是没有找到下载的按钮 2013-12-21 21:33:43
上面是经典的Ortep图，就用ORTEP 3画就行了，可以画的很清楚，也可以是彩色的。
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学无止境
8楼2013-12-19 12:14:56
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Nocturne

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by brillianta at 2013-12-19 01:51:21
我以前发现过这个功能，但是貌似像素不高。。。不是很清晰...

这跟你的设置有关系了，可以得到很清晰的图
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9楼2013-12-19 19:41:51
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forever1706

禁虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
vividhu: 金币+2, ★有帮助, 谢谢，能再问个问题吗？我现在有一个类型不应该存在的键，在shelxtl软件里，在椭球图里不会自动产生，但是在晶胞堆积图里会自动产生，这种键怎么删除呢？用undo命令是不是只能一个一个删的啊易，因为量很大，手工一个一个输入容出错啊，有别的修改方法吗？ 2013-12-21 21:37:09
我昨天回复的怎么消失了？用shelxtl画氢键（虚线）：

link bondtype keywords

关于bondtype可以是什么类型，help link。
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10楼2013-12-20 05:07:56
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