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vividhu木虫 (正式写手)
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[求助]
diamond画图求助-黑白横纹椭球图 已有4人参与
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本人新手一枚，晶体已经解析完了，最近在画图及相关具体数据的分析，其中有几个问题，麻烦大家帮忙看下。 1、我想得到如图1的黑白的横纹椭球图，但是我自己用diamond作图只能得到如图2的彩色的，而且椭球的剖面部分也不是横纹的那种，不知道这个怎么设置啊，求帮助啊。  图1  图2 2、关于分子内氢键和分子间氢键的，以下是我用planton计算得到的共11个氢键，这些氢键都对吗，都需要找出来吗？ Nr Typ Res Donor-- H....Acceptor [ ARU ] D - H H...A D...A D - H...A A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ) Sum(XZ) ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 1 Intra 2 N(1) --H(1) ..O(3) [ ] 0.89(3) 2.06(3) 2.778(3) 138(2) 2 2 N(1) --H(1) ..O(6) [ 2666.01] 0.89(3) 2.50(3) 3.233(3) 141(2)' 80.3(11)' 359(3) 3 2 N(2) --H(2) ..O(6) [ 1565.01] 0.88(3) 2.25(3) 3.088(3) 158(3) 4 Intra 1 N(3) --H(3) ..O(6) [ ] 0.89(2) 2.16(2) 2.825(3) 131.3(18) 5 1 N(3) --H(3) ..O(3) [ 2666.02] 0.89(2) 2.33(2) 3.110(3) 146.4(19)' 82.3(8)' 360(3) 6 1 N(4) --H(4) ..O(6) [ 2756.01] 0.92(2) 2.29(2) 3.188(3) 165.8(18) 7 Intra 2 C(6) --H(6B) ..O(2) [ ] 0.96 2.43 3.015(4) 119 8 Intra 2 C(6) --H(6C) ..N(2) [ ] 0.96 2.42 2.790(4) 102 9 2 C(11) --H(11) ..O(2) [ 1556.02] 0.93 2.55 3.476(4) 171 10 Intra 1 C(18) --H(18A) ..N(4) [ ] 0.96 2.31 2.768(3) 108 11 Intra 1 C(18) --H(18B) ..O(5) [ ] 0.96 2.59 2.997(4) 106 Translation of ARU-Code to CIF and Equivalent Position Code =========================================================== [ 2666.] = [ 2_666] =1-x,1-y,1-z [ 2756.] = [ 2_756] =2-x,-y,1-z [ 1565.] = [ 1_565] =x,1+y,z [ 1556.] = [ 1_556] =x,y,1+z [ Last edited by vividhu on 2013-12-18 at 10:01 ] |
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8楼2013-12-19 12:14:56
forever1706
禁虫 (知名作家)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
vividhu: 金币+3, ★有帮助, shelxtl是指用xp画的吗？可是xp好像不能画出其中的分子内氢键啊。 2013-12-18 14:21:22
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vividhu: 金币+3, ★有帮助, shelxtl是指用xp画的吗？可是xp好像不能画出其中的分子内氢键啊。 2013-12-18 14:21:22
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目测图1是shelxtl画的，如果非要这个样子的图，建议用shelxtl。用Diamond的选项更丰富，非要改成这个样子也得折腾一阵，还不一定完全一样。picture--atom design, 改原子；picture--bond design，改键；picture--layout，改背景。。。多试试就知道了。 氢键1-6是NH-O氢键，属经典氢键。是否合理得看结构解析是否正确合理。 其余是非经典氢键，比较弱，不知道你是否要讨论，如果不是要讨论的对象，直接忽略吧。 |
2楼2013-12-18 10:35:34
vividhu
木虫 (正式写手)
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