24小时热门版块排行榜    

查看: 3684  |  回复: 10

glcaihong

银虫 (正式写手)

[求助] 如何画有机分子结构式的长方体模型,得到分子的长宽高 已有1人参与

各位大侠,我想知道如何画出一个有机分子结构的长方体模型,我用chem 3D 画出结构式的填充模式或球棍模式之后,想知道它的长宽高,想知道分子的大小。
有文献说要把结构式放在长方体盒子里,X , Y, Z 尽可能保证Y 值最小,请教用什么软件,或什么方法能够得到分子的大小呢。
如图所示的那种。例如我想知道亚甲基蓝的分子大小,我可以通过chem 3D画出分子式,但怎么装到盒子里量出 X Y Z 呢?
这个问题困扰我很久了,希望能够得到你们的帮助,谢谢大家了!
如何画有机分子结构式的长方体模型,得到分子的长宽高
4.png
回复此楼
Alwaysdoyourbest,whatyouplantnow,youwillharvestlater.
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jerkwin

专家顾问 (正式写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-19 12:31:09
引用回帖:
3楼: Originally posted by glcaihong at 2013-12-18 09:49:58
下面的连接打不开,
我只是想知道简单的数字,x y z 各是多少,目的是比较几个分子的大小,看看能不能通过一定形状尺寸的通道。而且上面的两个链接中很多软件我也没听过,当然更没有用过。所以只想通过简单的方法 ...

中国的墙啊, 不知要到什么时候.
打不开的链接看附件吧

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : FindingdimensionsofaboundingboxinJmol.pdf
  • 2013-12-18 10:10:10, 304.16 K

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2013-12-18 10:09:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2013-12-18 08:56:18
glcaihong: 金币+105, ★★★很有帮助, 学习了,可能我问的不是很明白,继续追问,感谢您的答复 2013-12-18 09:50:56
先搞清楚, 你要问的是什么
看看这里再回答
http://hi.baidu.com/sobereva/item/3c9a79cac80a397588ad9e6e
http://hi.baidu.com/sobereva/item/2707923863a0fd5b80f1a7df
如果你只是要一个简单的数字, 用Jmol很简单
http://www.shocksolution.com/201 ... unding-box-in-jmol/
2楼2013-12-17 23:35:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

glcaihong

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2013-12-17 23:35:50
先搞清楚, 你要问的是什么
看看这里再回答
http://hi.baidu.com/sobereva/item/3c9a79cac80a397588ad9e6e
http://hi.baidu.com/sobereva/item/2707923863a0fd5b80f1a7df
如果你只是要一个简单的数字, 用Jmol很简 ...

下面的连接打不开,
我只是想知道简单的数字,x y z 各是多少,目的是比较几个分子的大小,看看能不能通过一定形状尺寸的通道。而且上面的两个链接中很多软件我也没听过,当然更没有用过。所以只想通过简单的方法找到x y z 值。
当然圆柱形状的如果一起能够得到就更好的比较几个分子的大小了。
不知道我这样说是不是很清楚,谢谢您的回答。
Alwaysdoyourbest,whatyouplantnow,youwillharvestlater.
3楼2013-12-18 09:49:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

glcaihong

银虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2013-12-18 10:09:09
中国的墙啊, 不知要到什么时候.
打不开的链接看附件吧...

非常感谢,我先试试,如果有问题再向您请教!
Alwaysdoyourbest,whatyouplantnow,youwillharvestlater.
5楼2013-12-18 10:18:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jimuwei

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by glcaihong at 2013-12-18 09:49:58
下面的连接打不开,
我只是想知道简单的数字,x y z 各是多少,目的是比较几个分子的大小,看看能不能通过一定形状尺寸的通道。而且上面的两个链接中很多软件我也没听过,当然更没有用过。所以只想通过简单的方法 ...

你是不是找一下晶体数据库,可能就有这些数据了。
Signalflag
6楼2013-12-27 13:09:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alanzxw

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2013-12-18 10:09:09
中国的墙啊, 不知要到什么时候.
打不开的链接看附件吧...

请问得到的边界盒的边长,它们的单位是什么?谢谢。
7楼2015-06-25 21:54:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by alanzxw at 2015-06-25 21:54:59
请问得到的边界盒的边长,它们的单位是什么?谢谢。...

埃Angstrom
8楼2015-06-25 22:10:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
本帖内容被屏蔽

9楼2021-04-05 13:45:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
送红花一朵
本帖内容被屏蔽

10楼2021-04-05 13:51:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 glcaihong 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +5 Ymlll 2026-03-18 8/400 2026-03-19 10:19 by Linda Hu
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +8 Ncdx123456 2026-03-13 9/450 2026-03-18 14:40 by haxia
[考研] 0703化学调剂 ,六级已过,有科研经历 +10 曦熙兮 2026-03-15 10/500 2026-03-18 14:19 by 007_lilei
[考研] 0703化学调剂 +4 pupcoco 2026-03-17 7/350 2026-03-18 12:14 by djl2006
[考研] 278求调剂 +5 烟火先于春 2026-03-17 5/250 2026-03-18 08:43 by 星空星月
[考研] 考研化学学硕调剂,一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +6 孔志浩 2026-03-12 11/550 2026-03-17 14:41 by 周舟舟77
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 一志愿,福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨; 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[硕博家园] 085600 260分求调剂 +3 天空还下雨么 2026-03-13 5/250 2026-03-13 18:46 by 天空还下雨么
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见