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glcaihong

银虫 (正式写手)

[求助] 如何画有机分子结构式的长方体模型,得到分子的长宽高 已有1人参与

各位大侠,我想知道如何画出一个有机分子结构的长方体模型,我用chem 3D 画出结构式的填充模式或球棍模式之后,想知道它的长宽高,想知道分子的大小。
有文献说要把结构式放在长方体盒子里,X , Y, Z 尽可能保证Y 值最小,请教用什么软件,或什么方法能够得到分子的大小呢。
如图所示的那种。例如我想知道亚甲基蓝的分子大小,我可以通过chem 3D画出分子式,但怎么装到盒子里量出 X Y Z 呢?
这个问题困扰我很久了,希望能够得到你们的帮助,谢谢大家了!
如何画有机分子结构式的长方体模型,得到分子的长宽高
4.png
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Alwaysdoyourbest,whatyouplantnow,youwillharvestlater.
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alanzxw

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2013-12-18 10:09:09
中国的墙啊, 不知要到什么时候.
打不开的链接看附件吧...

请问得到的边界盒的边长,它们的单位是什么?谢谢。
7楼2015-06-25 21:54:59
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2013-12-18 08:56:18
glcaihong: 金币+105, ★★★很有帮助, 学习了,可能我问的不是很明白,继续追问,感谢您的答复 2013-12-18 09:50:56
先搞清楚, 你要问的是什么
看看这里再回答
http://hi.baidu.com/sobereva/item/3c9a79cac80a397588ad9e6e
http://hi.baidu.com/sobereva/item/2707923863a0fd5b80f1a7df
如果你只是要一个简单的数字, 用Jmol很简单
http://www.shocksolution.com/201 ... unding-box-in-jmol/
2楼2013-12-17 23:35:50
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glcaihong

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2013-12-17 23:35:50
先搞清楚, 你要问的是什么
看看这里再回答
http://hi.baidu.com/sobereva/item/3c9a79cac80a397588ad9e6e
http://hi.baidu.com/sobereva/item/2707923863a0fd5b80f1a7df
如果你只是要一个简单的数字, 用Jmol很简 ...

下面的连接打不开,
我只是想知道简单的数字,x y z 各是多少,目的是比较几个分子的大小,看看能不能通过一定形状尺寸的通道。而且上面的两个链接中很多软件我也没听过,当然更没有用过。所以只想通过简单的方法找到x y z 值。
当然圆柱形状的如果一起能够得到就更好的比较几个分子的大小了。
不知道我这样说是不是很清楚,谢谢您的回答。
Alwaysdoyourbest,whatyouplantnow,youwillharvestlater.
3楼2013-12-18 09:49:58
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-19 12:31:09
引用回帖:
3楼: Originally posted by glcaihong at 2013-12-18 09:49:58
下面的连接打不开,
我只是想知道简单的数字,x y z 各是多少,目的是比较几个分子的大小,看看能不能通过一定形状尺寸的通道。而且上面的两个链接中很多软件我也没听过,当然更没有用过。所以只想通过简单的方法 ...

中国的墙啊, 不知要到什么时候.
打不开的链接看附件吧

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  • 附件 1 : FindingdimensionsofaboundingboxinJmol.pdf
  • 2013-12-18 10:10:10, 304.16 K

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2013-12-18 10:09:09
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