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lihehemumu

银虫 (小有名气)

[求助] T4 PNK 和 Ligase 已有1人参与

实验是这样:
试剂公司合成的DNA两端都是羟基。
我先磷酸化其中一条短ssDNA(A)的5‘,23bases,然后加入另外一条ssDNA(B)15bases,和一个更短的ssDNA(C)10bases,C与A和B都有部分互补,为的是把A和B拉近进行下一步的连接。简单的说就是要把A和B连接成一条长链。

磷酸化用的是thermo T4 PNK,连接用thermo T4 Ligase。
现在问题是连不上,不知道为什么。PNK用37度30min,然后加B和C后杂交2h,再Ligase是22度1h。Buffer用的是PNK的Buffer,跟Ligase相差不大: 10×:500mM Tris-HCl,100mM MgCl2,pH 7.6。

另外除了跑胶,还有别的办法鉴定是否连接上吗?

求指导!
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海豚的预言

金虫 (初入文坛)

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lihehemumu: 金币+1, 有帮助 2013-12-17 17:07:54
楼主,我也用T4 PNK和ligase,同样也是连不上,PNK在37度下反应30分钟,ligase室温下30分钟,不知道哪位大神能给些提示……
2楼2013-12-11 16:12:41
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