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shidahua

木虫 (正式写手)

[求助] 从PDB数据库中下载的四聚体只有一个亚基,应该如何下载其它三个亚基的信息

分子对接还没有入门。想进行分子对接时,从PDB数据库中下载的1YHB蛋白应该是个四聚体,可是我下载的数据只是一个亚基。因为药物结合的活性位点在两个亚基之间,因此,想得到两个相邻的亚基的数据,不知道怎么下载,或则下载后在DS软件中如何对称操作。非常感谢!
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BME_LIU

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
shidahua: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-11-29 20:02:11
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2013-11-30 10:15:04
的确是一个亚基,在寻找自己需要的蛋白晶体结构(一个蛋白通常会有多个晶体结构,而且这些结构往往是满足某一蛋白的特性,比如你现在要找的毗邻亚基之间的活性位点,蛋白与小分子结合的晶体复合物等),一定注意要多阅读PDB文件描述,之前走过很多弯路,越显而易见的越容易忽略。这个蛋白是包含了2个点突变(Y41H and Y41F)Ff噬菌体基因V蛋白。 希望对你有用
2楼2013-11-29 18:31:20
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yaozhq

金虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-01 13:32:37
用一个结构之前请阅读测定这个结构的文章
对于你这个 八成是做不出来四聚体 只做了一个单体的晶体 就这么简单
你要不就是去找找有没有四聚体的结构 要不就只能自己建模处理
3楼2013-11-30 13:13:33
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