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mengxiang9251木虫 (正式写手)
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[求助]
急求！修改文章求助
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大家好！ 我 回答审稿人的问题时遇到了困难，想请教下大家，该怎么回审稿人。 内容如下：Since the compound has many potential hydrogen bonding sites, specific hydrogen bonding may affect the reaction mechanism. Therefore the authors should comment on the justification of using the PCM model for incorporating solvent effect because continuum model do not consider specific hydrogen bonding. 我的理解是审稿人说我的这个体系还有很多潜在的能形成氢键的位置，而氢键能影响反应机理。而PCM模型没有考虑氢键的作用，作者应该给出说明。 我是做了一个化合物与羟基反应的机理研究，用溶剂化模型模拟了在水中的反应，但是没考虑具体氢键，该怎么回答？急求，谢谢大家。 |
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在gv里，从你各个优化好的结构出发，加一个水分子，再进行相同的计算就可以了，加的时候水的位置只要符合你预期的氢键的未知就好，然后进行下优化。如果有多个重要氢键位点，每一个最好各进行一次计算。不需要收敛的特别严格，主要是要证明加入这个配位水对体系没有特别严重的影响。 凡是加水之后和之前没有太大变化的位点，都可以先不管它。如果有多个位点都可能造成严重影响就要多加水分子了，不过一般加超过两个就很难优化结构了。 最好的情况下就是加了水之后优化结果变化不大，放热、势垒也没啥变化，那就直接把这些结果放进paper里就好了，证明PCM好使；不过一般羟基上有氢键对势垒影响还是挺大的。 |
mengxiang92517楼2013-12-19 12:07:13
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