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mengxiang9251

木虫 (正式写手)

[求助] 急求!修改文章求助

大家好!

   我 回答审稿人的问题时遇到了困难,想请教下大家,该怎么回审稿人。
内容如下:Since the compound has many potential hydrogen bonding sites, specific hydrogen bonding may affect the reaction mechanism. Therefore the authors should comment on the justification of using the PCM model for incorporating solvent effect because continuum model do not consider specific hydrogen bonding.

  我的理解是审稿人说我的这个体系还有很多潜在的能形成氢键的位置,而氢键能影响反应机理。而PCM模型没有考虑氢键的作用,作者应该给出说明。

  我是做了一个化合物与羟基反应的机理研究,用溶剂化模型模拟了在水中的反应,但是没考虑具体氢键,该怎么回答?急求,谢谢大家。
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mengxiang9251

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-27 02:42:35
审稿人说的有道理啊。你没有考虑氢键的话,PCM结果不可信。建议至少加上1个水分子在体系内,最好则是第一配位层的水分子都加入计算中。特别是OH基态是简并的,它在水中形成强氢键,电子结构会强烈受到氢键的影响。

您好!我之前没有这么算过,可以告诉我算这个用什么方法吗?怎么加水分子?输入文件怎么写吗?
4楼2013-12-13 15:52:20
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mengxiang9251

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by virtualzx at 2013-12-14 03:05:04
你用什么软件算的呢?...

我用gaussian算,抱歉,最近出差了,没及时回您
6楼2013-12-19 10:29:29
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mengxiang9251

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by virtualzx at 2013-12-19 12:07:13
在gv里,从你各个优化好的结构出发,加一个水分子,再进行相同的计算就可以了,加的时候水的位置只要符合你预期的氢键的未知就好,然后进行下优化。如果有多个重要氢键位点,每一个最好各进行一次计算。不需要收敛 ...

太感谢您了,我马上算下。
8楼2013-12-19 15:16:04
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