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mengxiang9251

木虫 (正式写手)

[求助] 急求!修改文章求助

大家好!

   我 回答审稿人的问题时遇到了困难,想请教下大家,该怎么回审稿人。
内容如下:Since the compound has many potential hydrogen bonding sites, specific hydrogen bonding may affect the reaction mechanism. Therefore the authors should comment on the justification of using the PCM model for incorporating solvent effect because continuum model do not consider specific hydrogen bonding.

  我的理解是审稿人说我的这个体系还有很多潜在的能形成氢键的位置,而氢键能影响反应机理。而PCM模型没有考虑氢键的作用,作者应该给出说明。

  我是做了一个化合物与羟基反应的机理研究,用溶剂化模型模拟了在水中的反应,但是没考虑具体氢键,该怎么回答?急求,谢谢大家。
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marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-11-26 16:13:45
mengxiang9251: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-12-02 15:25:34
这个无论如何你都要去尝试考虑特殊位点的氢键的,不过可以说是尝试过考虑特殊微点的氢键后对机理没有影响,pcm模型足够体现溶剂在这个反应中的作用~
思想有多远,我们就能走多远~
2楼2013-11-26 16:05:32
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virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mengxiang9251: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-12-02 15:25:21
审稿人说的有道理啊。你没有考虑氢键的话,PCM结果不可信。建议至少加上1个水分子在体系内,最好则是第一配位层的水分子都加入计算中。特别是OH基态是简并的,它在水中形成强氢键,电子结构会强烈受到氢键的影响。
3楼2013-11-27 02:42:35
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mengxiang9251

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-27 02:42:35
审稿人说的有道理啊。你没有考虑氢键的话,PCM结果不可信。建议至少加上1个水分子在体系内,最好则是第一配位层的水分子都加入计算中。特别是OH基态是简并的,它在水中形成强氢键,电子结构会强烈受到氢键的影响。

您好!我之前没有这么算过,可以告诉我算这个用什么方法吗?怎么加水分子?输入文件怎么写吗?
4楼2013-12-13 15:52:20
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virtualzx

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by mengxiang9251 at 2013-12-13 02:52:20
您好!我之前没有这么算过,可以告诉我算这个用什么方法吗?怎么加水分子?输入文件怎么写吗?...

你用什么软件算的呢?
5楼2013-12-14 03:05:04
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mengxiang9251

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by virtualzx at 2013-12-14 03:05:04
你用什么软件算的呢?...

我用gaussian算,抱歉,最近出差了,没及时回您
6楼2013-12-19 10:29:29
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virtualzx

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by mengxiang9251 at 2013-12-18 21:29:29
我用gaussian算,抱歉,最近出差了,没及时回您...

在gv里,从你各个优化好的结构出发,加一个水分子,再进行相同的计算就可以了,加的时候水的位置只要符合你预期的氢键的未知就好,然后进行下优化。如果有多个重要氢键位点,每一个最好各进行一次计算。不需要收敛的特别严格,主要是要证明加入这个配位水对体系没有特别严重的影响。
凡是加水之后和之前没有太大变化的位点,都可以先不管它。如果有多个位点都可能造成严重影响就要多加水分子了,不过一般加超过两个就很难优化结构了。
最好的情况下就是加了水之后优化结果变化不大,放热、势垒也没啥变化,那就直接把这些结果放进paper里就好了,证明PCM好使;不过一般羟基上有氢键对势垒影响还是挺大的。

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7楼2013-12-19 12:07:13
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mengxiang9251

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by virtualzx at 2013-12-19 12:07:13
在gv里,从你各个优化好的结构出发,加一个水分子,再进行相同的计算就可以了,加的时候水的位置只要符合你预期的氢键的未知就好,然后进行下优化。如果有多个重要氢键位点,每一个最好各进行一次计算。不需要收敛 ...

太感谢您了,我马上算下。
8楼2013-12-19 15:16:04
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