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ustc

金虫 (著名写手)

[交流] Dmol3里面 怎样固定一部分原子优化结构的

在cluster模型计算中,Dmol 3可以通过
Opt_Fixed
      3      XYZ
      4      XYZ
      5      XYZ
      6      XYZ
      7      XYZ

来固定一部分原子,但是如何在周期性模型的计算中固定一部分原子呢?

我在MS里面选择constrained,这样做在input文件里面没有固定原子的信息的。
我把这些input档,拷贝到远程的计算中心去计算,得到的结构就固定不了。
但是,在本地的windowns PC机上,还是可以固定的。

这是什么原因呢。

谢谢大家指导了!
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ustc

金虫 (著名写手)

没有知道的人麽
2楼2007-12-16 18:43:27
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sbzhjh

银虫 (小有名气)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,希望继续关注计算模拟版
可以呀,选中所要固定的原子,然后再在constrained里头选择固定分数坐标或者笛卡儿坐标,这主要看你的体系是笛卡儿还是分数坐标了
3楼2007-12-17 15:09:15
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ustc

金虫 (著名写手)

csfn(金币+0,VIP+0):dmol win版本应该是可以的,但是linux版本有没有人知道可以不可以在input里设置固定了?
是的,在windown下直接计算是可以的,但是,你把input和car文档拷贝到大机子里面做就不行了,因为在input 档里面根本就没有固定原子的信息的。

对于cluster model而言,constrain后,你会发现input档里面
Opt_Fixed
      3      XYZ
      4      XYZ
      5      XYZ
      6      XYZ
      7      XYZ

而对于周期性model, 就找不到这样的信息。
4楼2007-12-17 18:03:19
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ustc

金虫 (著名写手)

castep 里面paramater档里面也有固定原子的信息,就是在Dmol 里面对于周期模型里面没有
5楼2007-12-17 18:04:20
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eric88

木虫 (正式写手)

可以呀,选中所要固定的原子,然后再在constrained里头选择固定分数坐标或者笛卡儿坐标,这主要看你的体系是笛卡儿还是分数坐标了,具体的记得不是很清楚,但是可以肯定的是你要是两个都选上应该就管用了
6楼2007-12-18 15:41:39
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carlon

金虫 (小有名气)

你固定以后,别run,选择save as保持输入文件
看看有没有固定原子,然后交这个输入文件试试看
7楼2007-12-26 20:41:20
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)

周期性体系应该看看.cell文件,应该有你要的信息
8楼2007-12-26 22:52:44
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