应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3里面 怎样固定一部分原子优化结构的
51/1返回列表
查看: 2539  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ustc

金虫 (著名写手)

[交流] Dmol3里面 怎样固定一部分原子优化结构的

在cluster模型计算中，Dmol 3可以通过
Opt_Fixed
      3      XYZ
      4      XYZ
      5      XYZ
      6      XYZ
      7      XYZ

来固定一部分原子，但是如何在周期性模型的计算中固定一部分原子呢？

我在MS里面选择constrained，这样做在input文件里面没有固定原子的信息的。
我把这些input档，拷贝到远程的计算中心去计算，得到的结构就固定不了。
但是，在本地的windowns PC机上，还是可以固定的。

这是什么原因呢。

谢谢大家指导了！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2007-12-16 11:58:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sbzhjh

银虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，希望继续关注计算模拟版
可以呀，选中所要固定的原子，然后再在constrained里头选择固定分数坐标或者笛卡儿坐标，这主要看你的体系是笛卡儿还是分数坐标了
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2007-12-17 15:09:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

ustc

金虫 (著名写手)
csfn(金币+0,VIP+0):dmol win版本应该是可以的，但是linux版本有没有人知道可以不可以在input里设置固定了？
是的，在windown下直接计算是可以的，但是，你把input和car文档拷贝到大机子里面做就不行了，因为在input 档里面根本就没有固定原子的信息的。

对于cluster model而言，constrain后，你会发现input档里面
Opt_Fixed
      3      XYZ
      4      XYZ
      5      XYZ
      6      XYZ
      7      XYZ

而对于周期性model， 就找不到这样的信息。
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2007-12-17 18:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ustc

金虫 (著名写手)
castep 里面paramater档里面也有固定原子的信息，就是在Dmol 里面对于周期模型里面没有
赞一下 回复此楼
5楼2007-12-17 18:04:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eric88

木虫 (正式写手)
可以呀，选中所要固定的原子，然后再在constrained里头选择固定分数坐标或者笛卡儿坐标，这主要看你的体系是笛卡儿还是分数坐标了，具体的记得不是很清楚，但是可以肯定的是你要是两个都选上应该就管用了
赞一下 回复此楼
6楼2007-12-18 15:41:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学308分求调剂 +3 你好明天你好 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:11 by macy2011
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 求调剂材料学硕080500，总分289分 5+3 @taotao 2026-03-19 21/1050 2026-03-23 10:17 by 冠c哥
[考研] 310求调剂 +4 baibai1314 2026-03-16 4/200 2026-03-22 20:19 by edmund7
[考研] 环境学硕288求调剂 +6 皮皮皮123456 2026-03-22 6/300 2026-03-22 16:52 by i_cooler
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 4/200 2026-03-22 10:25 by QGZDSYS
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！ +4 lemonzzn 2026-03-17 8/400 2026-03-21 22:49 by lemonzzn
[考研] 材料求调剂 +5 @taotao 2026-03-21 5/250 2026-03-21 20:55 by lbsjt
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-20 7/350 2026-03-21 19:05 by 15709483992
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 083200学硕321分一志愿暨南大学求调剂 +3 innocenceF 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:35 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +15 陌の森林 2026-03-18 15/750 2026-03-20 23:28 by JourneyLucky
[考研] 288求调剂 +16 于海海海海 2026-03-19 16/800 2026-03-20 22:28 by JourneyLucky
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭