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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3里面 怎样固定一部分原子优化结构的
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ustc

金虫 (著名写手)

[交流] Dmol3里面 怎样固定一部分原子优化结构的

在cluster模型计算中，Dmol 3可以通过
Opt_Fixed
      3      XYZ
      4      XYZ
      5      XYZ
      6      XYZ
      7      XYZ

来固定一部分原子，但是如何在周期性模型的计算中固定一部分原子呢？

我在MS里面选择constrained，这样做在input文件里面没有固定原子的信息的。
我把这些input档，拷贝到远程的计算中心去计算，得到的结构就固定不了。
但是，在本地的windowns PC机上，还是可以固定的。

这是什么原因呢。

谢谢大家指导了！
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1楼 2007-12-16 11:58:10
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ustc

金虫 (著名写手)
没有知道的人麽
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2楼2007-12-16 18:43:27
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sbzhjh

银虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，希望继续关注计算模拟版
可以呀，选中所要固定的原子，然后再在constrained里头选择固定分数坐标或者笛卡儿坐标，这主要看你的体系是笛卡儿还是分数坐标了
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3楼2007-12-17 15:09:15
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ustc

金虫 (著名写手)
csfn(金币+0,VIP+0):dmol win版本应该是可以的，但是linux版本有没有人知道可以不可以在input里设置固定了？
是的，在windown下直接计算是可以的，但是，你把input和car文档拷贝到大机子里面做就不行了，因为在input 档里面根本就没有固定原子的信息的。

对于cluster model而言，constrain后，你会发现input档里面
Opt_Fixed
      3      XYZ
      4      XYZ
      5      XYZ
      6      XYZ
      7      XYZ

而对于周期性model， 就找不到这样的信息。
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4楼2007-12-17 18:03:19
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ustc

金虫 (著名写手)
castep 里面paramater档里面也有固定原子的信息，就是在Dmol 里面对于周期模型里面没有
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5楼2007-12-17 18:04:20
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eric88

木虫 (正式写手)
可以呀，选中所要固定的原子，然后再在constrained里头选择固定分数坐标或者笛卡儿坐标，这主要看你的体系是笛卡儿还是分数坐标了，具体的记得不是很清楚，但是可以肯定的是你要是两个都选上应该就管用了
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6楼2007-12-18 15:41:39
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carlon

金虫 (小有名气)
你固定以后，别run，选择save as保持输入文件
看看有没有固定原子，然后交这个输入文件试试看
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7楼2007-12-26 20:41:20
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
周期性体系应该看看.cell文件，应该有你要的信息
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8楼2007-12-26 22:52:44
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