应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3里面 怎样固定一部分原子优化结构的
51/1返回列表
查看: 2534  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ustc

金虫 (著名写手)

[交流] Dmol3里面 怎样固定一部分原子优化结构的

在cluster模型计算中，Dmol 3可以通过
Opt_Fixed
      3      XYZ
      4      XYZ
      5      XYZ
      6      XYZ
      7      XYZ

来固定一部分原子，但是如何在周期性模型的计算中固定一部分原子呢？

我在MS里面选择constrained，这样做在input文件里面没有固定原子的信息的。
我把这些input档，拷贝到远程的计算中心去计算，得到的结构就固定不了。
但是，在本地的windowns PC机上，还是可以固定的。

这是什么原因呢。

谢谢大家指导了！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2007-12-16 11:58:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niliu

铁杆木虫 (著名写手)
周期性体系应该看看.cell文件，应该有你要的信息
赞一下 回复此楼
8楼2007-12-26 22:52:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

sbzhjh

银虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，希望继续关注计算模拟版
可以呀，选中所要固定的原子，然后再在constrained里头选择固定分数坐标或者笛卡儿坐标，这主要看你的体系是笛卡儿还是分数坐标了
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2007-12-17 15:09:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ustc

金虫 (著名写手)
csfn(金币+0,VIP+0):dmol win版本应该是可以的，但是linux版本有没有人知道可以不可以在input里设置固定了？
是的，在windown下直接计算是可以的，但是，你把input和car文档拷贝到大机子里面做就不行了，因为在input 档里面根本就没有固定原子的信息的。

对于cluster model而言，constrain后，你会发现input档里面
Opt_Fixed
      3      XYZ
      4      XYZ
      5      XYZ
      6      XYZ
      7      XYZ

而对于周期性model， 就找不到这样的信息。
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2007-12-17 18:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ustc

金虫 (著名写手)
castep 里面paramater档里面也有固定原子的信息，就是在Dmol 里面对于周期模型里面没有
赞一下 回复此楼
5楼2007-12-17 18:04:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
[考研] 求调剂材料学硕080500，总分289分 5+3 @taotao 2026-03-19 21/1050 2026-03-23 10:17 by 冠c哥
[考研] 284求调剂 +6 Zhao anqi 2026-03-22 6/300 2026-03-23 09:23 by king123！
[考研] 280分求调剂 一志愿085802 +4 PUMPT 2026-03-22 7/350 2026-03-22 22:13 by 星空星月
[考研] 材料与化工085600，总分304，本科有两篇sci参与，求调剂 +4 幸运的酱酱 2026-03-22 5/250 2026-03-22 20:15 by edmund7
[考研] 环境学硕288求调剂 +6 皮皮皮123456 2026-03-22 6/300 2026-03-22 16:52 by i_cooler
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-20 3/150 2026-03-22 16:00 by ColorlessPI
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:12 by 朱芷琳
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 268求调剂 +9 简单点0 2026-03-17 9/450 2026-03-21 15:37 by lature00
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 299求调剂 +6 △小透明* 2026-03-17 6/300 2026-03-21 02:42 by JourneyLucky
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境专硕，总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:39 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭