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zhangbaocau

新虫 (小有名气)

[求助] 17cm 非线性胶条双向电泳图谱求助

17cm 非线性胶条双向电泳图谱求助
图为真菌胞内蛋白双向电泳图,样品制备采用TCA-丙酮法,
将1克冻干菌体用液氮研磨至粉末,加入TCA-丙酮质量体积比为10%的混合液15ml和0.07%DTT, ,-20 ℃沉淀4h或过夜, 4℃ 14000rpm离心20 min,并用含有DTT的丙酮洗涤以除去TCA,真空干燥以除去丙酮。重悬于裂解液(7 M尿素、2 M硫脲、2%CHAPS、1%  DTT、0.5% Bio-Lyte Ampholyte)中,20℃ 14000rpm离心30 min,吸取上清液,测浓度分装待用;
pH3-10 ,nonlinear,17cm 胶条,操作和等点聚焦条件等按bio-rad公司说的来的并做适当修改,等电聚焦程序设置
17cm胶条
水化                50V                        14小时(20℃)                        主动水化
S1                150V                快速                3.5小时                                除盐
S2                300V          快速                 1小时                                除盐
S3         600V          快速                 1小时                                除盐
S4         1200V         快速                 1小时                                除盐
S5         10000V        线性                4.5小时                                升压
S4                10000V        快速                60,000伏小时                聚焦
S5                500V                快速                任意时间                        保持
         选择所放置的胶条数。
         设置每根胶条的极限电流。(50-70mA/根)
         设置等电聚焦时的温度。(20℃)

SDS电泳,16mA/gel,30min, 30mA/gel,7 h. 考马斯亮蓝CBB G250染色
图谱还是有问题,求高手指点,谢谢!
主要存在以下问题:
1 CK和处理上样量经bradford法测定,都以500mg与水化液混合(由于混合液有剩余,故实际上样量都是420mg),但从图片可看出,CK的总体蛋白含量明显高于处理的总体蛋白含量,基本是每个点都高一些(但两者?A样量和IEF程序完全一样啊),这样后面找差异大的点切胶估计不行啊,不知从哪里改进,??
2 CK和处理胶的最左边(pH3-10)有较强的横纵条纹,难道?A样量还是太高了吗,还是IEF程序要改变??
3若同时跑 CK和处理2胶条的运行条件稳定后,在去同时跑6胶条(CK和处理的3个重复),6胶条同时聚集,IEF程序完全不变,应该可以吧?
17cm 非线性胶条双向电泳图谱求助
图1 CK ,pH3-10从左至右


17cm 非线性胶条双向电泳图谱求助-1
图2处理,pH3-10从左至右
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 。 2013-11-09 15:31:11
zhangbaocau: 金币+1, 有帮助 2013-11-14 15:30:34
1. 不能通过染色比较两块不同胶上的蛋白量,因为染色和脱色会影响图片效果。你需要分别在两块胶上点marker或者标准蛋白才能比较。
2. 我觉得应该是样品的问题。样品是否经过除盐处理?
3. 可以。通常用一个样品来优化条件,通常是野生型。
2楼2013-11-09 08:49:21
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