24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 4027  |  回复: 49
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

山水88

木虫 (正式写手)

[求助] Red重组老是不成功,求救

用Red重组敲除基因,做了一个多月了,还是没有成功,前期是抗性基因片段PCR量低,后来换了酶解决了,转了pKD46之后的菌株诱导表达到OD0.6制备感受态转化PCR片段,过程应该都是比较常规的了,可是这么久就是不成功,请问有做过的指点一下,谢谢了,浪费不起时间了
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
25楼: Originally posted by Haibara_Ai at 2013-11-18 23:01:19
如果假阳性只有1-2个,我觉得是可以接受的(我一般不用dpnI,个人感觉dpnI控制假阳性效果比胶回收还差),如果你想继续降低,你可以胶回收后取一点重新PCR。

我觉得你现在关键问题是阳性一点没有,可以完整写一下 ...

你好,昨天先酶切后PCR的假阳性菌中还是有模板质粒的出现(随机挑了四个,一个非常明显有模板质粒),那就不知道其它几株菌没有质粒怎么会有Tet抗性呢?
下面是我的步骤(文献中所述方法):

1)电转化重组质粒(SpeR抗性,IPTG诱导)进入所要敲除基因的菌株BW25113中,涂平板筛选其SpeR抗性菌落
2)将活化好的阳性菌落转接至SOB培养基(添加0.5%葡萄糖、100μg/mL SpeR及2mM IPTG)培养至OD600=0.6制备感受态
3)双酶切抗性质粒,以其线性片段为模板扩增TetR基因,胶回收纯化并核酸共沉
4)将PCR产物电转入所制感受态中,添加1mL SOB培养基中复苏至少2h,取500μL涂布LB平板(添加0.5%葡萄糖、100μg/mL SpeR及10μg/mL TetR),30℃过夜培养后挑取菌落进行PCR验证。剩余500μL复苏至次日再涂布挑菌验证。
由于重组质粒后面要继续使用,所以一直保证它的存在,然后由于Mg2+对TetR的影响,我使用的是LB培养基而没有用SOB,谢谢!
26楼2013-11-19 09:48:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 50 个回答

guohuayin

木虫 (著名写手)

博士,副教授

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-11-04 08:36:13
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6366582
我做过Red重组敲除大肠杆菌基因,上面是我发的帖子,混总了一下相关问题,你可以参考一下,如果有问题,欢迎交流。
内生菌资源和核酸分子的利用
2楼2013-11-01 20:29:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by guohuayin at 2013-11-01 20:29:45
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6366582
我做过Red重组敲除大肠杆菌基因,上面是我发的帖子,混总了一下相关问题,你可以参考一下,如果有问题,欢迎交流。

你好,看过您的帖子了,对您的工作表示惊喜。我目前的情况是抗性基因PCR片段量应该够了,感受态也是按照文献方法做的,菌株就是常用的BW25113,引物设计50+20bp,转化后在抗性平板上长的挺多的,但全是假阳性,因此想请教一下有什么需要注意或者可能会影响重组效率的步骤,谢谢!
3楼2013-11-01 21:09:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by guohuayin at 2013-11-01 20:29:45
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6366582
我做过Red重组敲除大肠杆菌基因,上面是我发的帖子,混总了一下相关问题,你可以参考一下,如果有问题,欢迎交流。

还有一个就是,我想敲除的是三个串联基因,大小在2.5kb,应该说也不是很大了,不知道这个会有影响么。另外一个就是我使用的是四环素抗性基因片段,以前这个抗生素也没用过,所以对它的使用注意事项也不是很清楚,如果是抗性失效的话,长出假阳性也就可以理解了,但同时我做DH5a对照是没有菌落长出来的,因此重组效率不高应该是主要问题了,当然,四环素使用注意事项也烦请老师指点一二,谢谢!
4楼2013-11-01 21:17:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见