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山水88

木虫 (正式写手)

[求助] Red重组老是不成功,求救

用Red重组敲除基因,做了一个多月了,还是没有成功,前期是抗性基因片段PCR量低,后来换了酶解决了,转了pKD46之后的菌株诱导表达到OD0.6制备感受态转化PCR片段,过程应该都是比较常规的了,可是这么久就是不成功,请问有做过的指点一下,谢谢了,浪费不起时间了
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山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
22楼: Originally posted by Haibara_Ai at 2013-11-03 22:15:22
另外抗生素浓度一般要低于正常选择浓度
比如clora,一般选择培养可以选择34-50
但是如果是基因组操作,选择一步一般用5-10
Tet是5还是10的我记不清了,反正是更容易失效了。

你好,又打扰您了,做了两个周还是没有得到正确菌株,我没有用DpnI处理,而是找了抗性片段之外的两个酶切位点对质粒进行了双酶切,由于之前以质粒为模板的PCR产物还有很多,我就对它们进行了过夜双酶切后核酸共沉转化,平板上长的菌落已经很少了,有的几乎一两个,但是挑选的经过菌落PCR验证(引物为敲除基因当中序列),结果还是有片段P出来了,与对照一致的,做的电转+不诱导是没有菌落产生的,后面挑选了几株进行了质粒检测其中一株是有模板质粒的,可见质粒影响较大。所以接着我就直接先对质粒酶切再胶回收片段后进行PCR,结果平板上也是长出一两个菌落,但是菌落PCR还是与对照一致。。。。,质粒呢正在提取中。真不知道怎么办了,是必须要DpnI处理么还是怎么的,可是也有好多文献是说用线性片段进行PCR就可以了,麻烦您了,谢谢
24楼2013-11-18 15:31:52
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guohuayin

木虫 (著名写手)

博士,副教授

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-11-04 08:36:13
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6366582
我做过Red重组敲除大肠杆菌基因,上面是我发的帖子,混总了一下相关问题,你可以参考一下,如果有问题,欢迎交流。
内生菌资源和核酸分子的利用
2楼2013-11-01 20:29:45
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山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by guohuayin at 2013-11-01 20:29:45
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6366582
我做过Red重组敲除大肠杆菌基因,上面是我发的帖子,混总了一下相关问题,你可以参考一下,如果有问题,欢迎交流。

你好,看过您的帖子了,对您的工作表示惊喜。我目前的情况是抗性基因PCR片段量应该够了,感受态也是按照文献方法做的,菌株就是常用的BW25113,引物设计50+20bp,转化后在抗性平板上长的挺多的,但全是假阳性,因此想请教一下有什么需要注意或者可能会影响重组效率的步骤,谢谢!
3楼2013-11-01 21:09:04
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山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by guohuayin at 2013-11-01 20:29:45
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6366582
我做过Red重组敲除大肠杆菌基因,上面是我发的帖子,混总了一下相关问题,你可以参考一下,如果有问题,欢迎交流。

还有一个就是,我想敲除的是三个串联基因,大小在2.5kb,应该说也不是很大了,不知道这个会有影响么。另外一个就是我使用的是四环素抗性基因片段,以前这个抗生素也没用过,所以对它的使用注意事项也不是很清楚,如果是抗性失效的话,长出假阳性也就可以理解了,但同时我做DH5a对照是没有菌落长出来的,因此重组效率不高应该是主要问题了,当然,四环素使用注意事项也烦请老师指点一二,谢谢!
4楼2013-11-01 21:17:33
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