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xiaodaolai银虫 (小有名气)
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重对接问题
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| 我现在在做重对接，想问一个问题，重对接不是每个化合物可以设置产生10个构象吗，然后与ref比较，就会产生10个RMSD，那这时是要第一个的RMSD呢还是要10个中最小的一个RMSD值？谢谢回复啊！ |
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8楼2013-10-30 21:29:33
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2楼2013-10-30 12:33:50
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3楼2013-10-30 14:00:33
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【答案】应助回帖
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月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-10-30 18:44:52
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-10-30 18:44:52
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你是想通过重对接筛选对接程序是吧，然后每种对接产生10个RMSD，理论上来说应该是几种对接的第一个pose的RMSD值之间相互比较，但是有个另类的第一个值不是最小的，so。。。confused？ 这个要具体问题具体分析啦： 1、看你这个最小值是不是因为巧合得到的，看你这十个值的渐变性还有离群情况啦，比如你有9个pose都是4-8，中间突然有一个值0.3，明显是个离群的数据啦，渐变性就是你这十个pose大体上应该是2.3、3.2、4.3、5.7……这个顺序啦，偶尔有偏差但是不会太离谱（自己掌握尺度- -！~）； 2、还有就是这个打分函数是不是适用这个体系，因为你的pose排名是由能量值排名得到的，有可能某个体系并非能量占主导地位，有可能是形状匹配或者其他匹配占主导地位，所以说你可以再做一个对打分函数本身的评估，就是用同一个对接函数做重对接，得到的RMSD值和打分给出来的排序进行比对，看哪个打分函数最好，详细情况可以去看教程 感觉如果不是很精细的对接没必要做这些啦- -！~ PS.如果有什么遗漏的欢迎补充 |
4楼2013-10-30 15:37:45